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我运行你在有道笔记中的GEO数据库分析遇到问题？
这个是由于一个基因有多个 entrez ID 导致的： 下面的代码是把多个entreID取了并集，建议取一个作为代表序列；可以提前用Excel处理好基因信息文件表格； DEG_list_kegg <- c()for(i in degs$entrezid){ DEG_list_kegg<-c(DEG_list_kegg,eval(parse(text = i)))}
回答于 2020-03-02 19:53
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如何从已知的基因组里对特定通路上的基因进行筛选鉴定？
这个涉及到基因组序列的批量注释，你可以把基因组上所有基因的序列到kegg数据库里面同源比对一下； 看看哪些基因比对到你感兴趣通路中就找到你想要的基因列表了；
回答于 2020-03-02 19:43
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KAKS格式转换
看你的命令行输入文件的名字不一样你检查一下： 输入文件有问题，你检查一下；你可以把输入文件和课程里面的文件内容对比一下； 我看不到你的输入文件，不好找原因。
回答于 2020-03-02 19:39
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请问在GEO中收到的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自...
这个需要查阅文献，看看别人怎么在根据自己的研究目的选择数据的。再有，搜索到的数据要看数据背景信息，处理来源等等； 根据需要选择数据，而不是盲目的选择。最重要的还是多看文献。
回答于 2020-03-02 09:57
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老师，我在做hummer搜索时，输入hmmsearch --domtblout ACTS_hmm...
计算机基础知识得补补，科学计数法： 在电脑或计算器中一般用EXP或E（Exponential）来表示10的幂： 7.823E5=7823001.2e−4=0.00012 所以这个值：值最大是3e-10 不是很大，而是很小。
回答于 2020-03-02 09:54
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请问 较为小众的物种，其gene symbol的查询
小物种大多是没有 Gene symbol 的，有也是通过同源比对得到注释的Gene symbol。 少数有人详细研究过可能有给出名字；
回答于 2020-02-29 10:59