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4090 个回答

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mcscan/AT.blast文件的生成

输入到了这个文件夹,你看那一下:

回答于 2020-03-04 10:08

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请问老师这种图用什么软件做的?将不同染色体上的同源基因用相同...

mcscanX共线性分析软件可以做: https://www.omicsclass.com/article/275

回答于 2020-03-03 21:04

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TCGA中比如说我要下病例报告,slide,还有msi怎么下载啊

有些参数的意义要是弄明白了就可以融汇贯通,因为老师不可能把所有的都讲到,更多功能还是要看TCGAbiolinks的官方说明文档才好: 详情看:http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/download_prepare.html 这里你可以对应的改一下,应该就可以下载到你想要的数据了:

回答于 2020-03-03 09:43

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TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错(在...

TCGA拷贝数变异数据copy number variation 下载处理的方法不一样,你不要套用表达数据的下载方法: query <-GDCquery(project = "TCGA-ACC", data.category = "Copy Number Variation", data.type = "Copy Number Segment", barcode = c( "TCGA-OR-A5KU-01A-11...

回答于 2020-03-03 09:13

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请问老师用转录组分析得出的FPKM值做基因家族的基因表达量热图可...

可以的,参考基因组与你分析基因家族所用的基因组是相同的就可以用;

回答于 2020-03-02 22:06

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老师,做基因组内共共共线性分析出现这种错误的原因是撒原因?

已经提示文件路径写错啦:

回答于 2020-03-02 20:03

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$python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=...

看你的文件应该没有问题,再检查一下文件结尾是否有多余的空行,有的话删除试一下; 如果还不行,建议使用我们提供的biolinux 里面安装了python 的mcscan,怀疑你的软件安装问题; https://www.omicsclass.com/article/526   基因家族分析课程:学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2020-03-02 20:02

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请问老师用McscanX做基因组内共线性分析,在准备family.ctl文件...

应该是可以的,你可以试试; 绘制圈图,建议用circos后面的课程有的;

回答于 2020-03-02 19:56

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老师,你好,安装好Linux系统后,请问提取氨基酸序列的domain_xu...

电脑打开网易云课堂,课程的左下角有参考资料下载,所有的课程都检查一遍都下载下来; 有个打包文件解压之后里面有所有的脚步文件;

回答于 2020-03-02 19:55

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你好,安装好Linux系统后,请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的...

电脑打开网易云课堂,课程的左下角有参考资料下载,所有的课程都检查一遍都下载下来; 有个打包文件解压之后里面有所有的脚步文件;

回答于 2020-03-02 19:55