已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？
在日常的生信分析中，通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下，如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找，或者在染色体上对这些基因进行定位，那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-09-14 11:29
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每天学习一点点
Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 17:33
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rzx
2023年秋季线下/直播培训火热报名中！
疫情已经结束，暌违已久的组学大讲堂线下培训回归了！这个暑期，组学大讲堂为大家准备了丰富多样的培训课程。
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- 生信老顽童
- 发布于 2023-06-08 10:03
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生信老顽童
星莓
Minimap2安装与使用
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...
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- 星莓
- 发布于 2023-05-12 11:07
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omicsgene
叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）
大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...
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- 星莓
- 发布于 2023-02-15 15:53
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NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等
NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件，以及获得细胞器基因组的全部基因名称
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- 星莓
- 发布于 2022-12-05 14:58
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seqkit序列处理神器的常用命令
seqkit是一个序列处理神器，有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令，详细内容如下
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- 星莓
- 发布于 2022-11-18 17:22
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你想桃子吗
lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析
lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析
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- omicsgene
- 发布于 2021-06-25 17:00
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转录组扫盲系列--转录组如何建库？
很多老师都做过转录组，但你对转录组了解吗？知其然，更要知其所以然，才能对数据结果理解更深入，从本期起，小编给大家详细介绍下转录组实验及分析过程，里面肯定有你不知道的知识，赶紧get下...
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- 红橙子
- 发布于 2021-04-26 19:02
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红橙子
Kaplan-Meier生存分析中三种检验方法(log-rank、breslow、tarone)的比较
Kaplan-Meier生存分析中三种检验方法(log-rank、breslow、tarone)的比较
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- omicsgene
- 发布于 2021-03-30 15:48
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利用Python matplotlib库对基因组同源区域和进化速率进行可视化展示！！！
利用Python matplotlib库对基因组同源区域和进化速率进行可视化展示！！！
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- 不一样
- 发布于 2020-03-12 13:06
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不一样
