Igraph软件安装错误
WGCNA剔除异常样本
今天有学员问 MCScanX 安装问题,我试了下,果然有错误。 make报错: g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanX msa.cc: In fun...
分享endnote文献管理工具
pfam打开不了解决办法,Pfam这个主页里,这些搜索项目点击没有反应,是咋回事呢
在工作和学习过程中,总是会遇到不少问题需要在论坛或者群里进行提问,但是提问者和回答者之间经常会发生不愉快的事情。发生这种情况的主要原因在于提问者不知道如何准确、全面的提出问题,使得...
MENA,一个可以利用OTU数据进行在线分子生态网络分析的网站,帮你搞定OTU互作网络图。
随着大数据时代的到来,很多生物科研工作者都接触了基因组相关实验。在做数据分析的时候,会用到一个很重要的文件,就是基因组的注释文件,也就是今天分享内容的主角GFF文件! 什么是GFF文件...
使用FigTree制作漂亮的系统发育树。这款软件需要在JAVA环境下运行,所以使用前记得要安装JAVA。 第一步:选择合适的树形 使用File – open 打开树文件(一般为.nwk文件),在左上方绿色...
PubMed 按影响因子过滤文献
简单高效的查找外源基因插入位置的方法,并可以设计共显性标记,方便后续实验验证。
16s测序数据除了进行常规的Alpha多样性分析,Beta多样性分析,以及PCA分析之外,还能做什么?
monocle3分析结果解读
Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络,并依据基本的数据的结合成可视化网络。
seqkit软件介绍: Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件,由go语言编写,功能比较完善,软件使用也很稳定。 下载链接:https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式: 1. 点...
在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes(),其中提供的第二个参数不能有0,否则会报错: showSigOfNodes()拆分之后是: sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的 ...
在基因家族分析中,有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况,或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系,这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析,然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan,进行多物种的基因组共线性绘图。
泛基因组可视化
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍,这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树(Phylogenetic tree)。 在Orthofinder结果文件中有一...
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比,Minimap2可以用于三代测序, 也支持 splicing awared 比对;与一些传统三代比对工具相比,Minimap2 速度非常快,...