简单高效的查找外源基因插入位置的方法,并可以设计共显性标记,方便后续实验验证。
16s测序数据除了进行常规的Alpha多样性分析,Beta多样性分析,以及PCA分析之外,还能做什么?
monocle2 igraph 报错
不同物种构建泛基因组的时候需要用到Progressive Cactus 参考文章:Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomic 下载: 软件github:https://github.com/Comp...
泛基因家族分析发文趋势方兴未艾,越来越多的老师咨询分析内容,今天我就给大家来个高端局,将目前已有的还有未来10年即将出现的分析方向给大家罗列一下。 一、常见泛基因家族分析内容1. 基因...
读 10X的空间转录组数据报错
monocle3分析结果解读
Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络,并依据基本的数据的结合成可视化网络。
seqkit软件介绍: Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件,由go语言编写,功能比较完善,软件使用也很稳定。 下载链接:https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式: 1. 点...
在r包topgo里面绘制node图的函数是showSigOfNodes(),其中提供的第二个参数不能有0,否则会报错: showSigOfNodes()拆分之后是: sampleGOdata和score(resultKS.elim)是提供给函数的 ...
使用NCBI自带的工具实现蛋白序列的批量下载
lefse 运行报错python3中
在基因家族分析中,有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况,或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系,这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析,然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan,进行多物种的基因组共线性绘图。
泛基因组可视化
gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式
linux使用ossutil下载阿里云数据
从fasta基因组中提取反向互补序列,借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件 -bed 基因位置 共6列:【染色...
GenotypeGVCFs 运行速度慢解决方法
SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复。
fasta序列多行变单行