在Windows系统中安装并使用seqkit工具
seqkit软件介绍： Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 下载链接：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式： 1. 点...
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- rzx
- 发布于 2024-03-19 17:01
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rzx
Ti Amo
每天学习一点点
omicsgene
使用MCscan进行多物种共线性分析与绘图
在基因家族分析中，有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况，或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系，这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析，然后根据共线性分析结果进行可视化。今天我们就来教大家使用一款常用的共线性分析和可视化软件——MCscan，进行多物种的基因组共线性绘图。
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- 每天学习一点点
- 发布于 2023-09-26 17:40
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Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)
在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...
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- rzx
- 发布于 2023-06-15 17:33
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Minimap2安装与使用
minimap2是生信大牛Heng Li在2018年发表的三代序列比对工具。与传统的bwa相比，Minimap2可以用于三代测序， 也支持 splicing awared 比对；与一些传统三代比对工具相比，Minimap2 速度非常快，...
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- 星莓
- 发布于 2023-05-12 11:07
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星莓
从fasta基因组中提取反向互补序列
从fasta基因组中提取反向互补序列，借助bedtools工具。 bedtools getfasta -fi Dlong_asm_chr.fasta -bed DlNIP.bed -s -fo DlNIP.bed.fa -fi 基因组文件 -bed 基因位置 共6列：【染色...
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- rzx
- 发布于 2023-02-27 14:22
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叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）
大部分植物的叶绿体基因组具有典型的四分体结构，即由LSC、SSC以及一对IR区域构成，IR和SSC区域的收缩与扩张是常见的进化事件。通过irscope工具可以将多个物种叶绿体的区域边界进行可视化对比...
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- 星莓
- 发布于 2023-02-15 15:53
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安生水
MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR
SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。
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- 星莓
- 发布于 2023-02-06 11:04
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qiime2分类器的训练
训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网...
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- xun
- 发布于 2022-11-14 15:26
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xun
你想桃子吗
R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败
R包hdf5r安装失败 SeuratDisk 安装失败
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- omicsgene
- 发布于 2022-01-22 10:23
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GWAS，TWAS，eQTL,EWAS等的关系定义
eQTL 基因组变异和转录组之间的关系(健康和疾病状态) GWAS 基因组变异和表型之间的关系 TWAS 基因表达和表型之间的关系
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- omicsgene
- 发布于 2022-01-12 13:38
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