转录组文章怎么写能发2区文章?

一文告诉你3分二区的转录组文章怎么写?看起来是萝卜,实际是王者!还不赶快围观!

随着测序成本的下降,转录组测序已经逐步成为分子生物学实验的标配,每年有大量的数据产出,这也导致了转录组测序分析的文章越来越难以发表。

今天小编就给大家带来一篇今年10月份见刊的转录组文章,该文章发表在BMC Plant Biology上,影响因子3.93,中科院分区二区;接下来让我们一起来看看别人的转录组是如何发到二区期刊上的!

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闲话不多说,直接解读。

1、实验设计很重要,对照处理要有显著的差别。作者将萝卜芽在蒸馏水或者富氢水(HRW)制备的培养基上培养。黑暗条件下培养1天后,分别转移到白光(W)培养箱中和UV-A照明培养箱中培养。在12、24、36小时测定总花青素含量,并在光照处理后测定内源氢气的含量。

attachments-2018-12-ZQNDiSQl5c1c51a17de0e.jpg2、作者在光处理24小时后取样,液氮冷冻,-80度保存,并提取RNA,用于转录组测序分析。一共4个样品:W+HRW、W、UV-A、UV-A + HRW,两两对比形成差异组合。共鉴定出14564个差异基因。并通过聚类热图、维恩图等来进一步分析了各个差异组合中差异基因的上下调情况。

attachments-2018-12-5qLnvCLQ5c1c51b40efeb.jpg3、作者通过GO和KEGG注释以及富集,深入的挖掘分析了各个差异组合的差异情况。

attachments-2018-12-sC1UBAHH5c1c51c4a7b32.jpgattachments-2018-12-yzh1CtUP5c1c51cb1b15e.jpg4、作者通过分析花青素合成代谢途径,挑选出了12种相关的结构基因以及94种转录因子,并对这些结构基因和转录因子在W和UV-A处理下的基因表达情况进行了分析,构建了表达热图。

attachments-2018-12-rHubBrKQ5c1c51dd46724.jpgattachments-2018-12-4vclzskV5c1c51e72b7c7.jpg

5、根据KEGG和GO注释结果,作者也分析了信号转导、MAPK以及钙信号通路的差异基因。

6、作者挑选了16个花青素合成相关的差异基因进行了qRT-PCR验证,结果与转录组测序结果基本一致,说明RNA-seq数据是可靠的。

7、最后,作者结合前人的研究结果和自己的实验数据进行了讨论,并提出在UV-A辐射下HRW能够促进萝卜芽中花青素的积累,并绘制了调控网络图。attachments-2018-12-emwdvUGi5c1c5204b9ae5.jpg

就这样,一篇3分多的二区转录组文章就完成了。通篇看来,文章思路清晰,分析简单,没有过多的补充实验,不失为一篇低投入高性价比的转录组测序类文章。这也表明转录组测序类文章并没有想象中的难写难发,只要设计合理,结果可靠,能够自圆其说,发一篇三四分的文章还是很简单的;更多具体信息请下载原文观看吧!

同样做转录组实验,为什么有人可以发二区文章,而有些人却发不出去呢?究其原因无非是以下两个原因:

  1. 转录组数据结果似懂非懂,无法做到从海量结果数据里一层一层筛选出关键的研究结果。

  2. 转录组标准分析后续分析及实验无思路,无法完成整个科研闭环!

需要文献原文的老师请关注组学大讲堂微信公众号转发该文章至您的朋友圈并截图,然后在公众号对话框内发送截图证明并留言 萝卜” 即可获得原文献!(注意关键词需写全)。

另外,我们在网易云课堂上有各种教学视频:

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8.其他课程链接:二代测序转录组数据自主分析NCBI数据上传二代测序数据解读

  • 发表于 2018-12-21 10:43
  • 阅读 ( 4536 )
  • 分类:文献解读

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生信老顽童
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