病毒衍生的small RNAs： 宿主与病毒互作的分子“证据”
病毒是专性寄生，需要借助宿主才能进行复制，繁殖。在病毒的复制循环过程中，其RNA中间体可以被宿主的不同抗病毒途径RNA decay、RNA interference、 and RNase L pathways识别并降解，从而产生大量的病毒衍生小RNA（Virus-derived small RNAs）。这些小RNA具有反映其来源的分子特征。首先，可以使用小RNA来组装病毒序列并识别它们来源的病毒。第二，小RNA的其他分子特征如大小，极性和碱基偏好性等反映了病毒的类型和宿主的降解机制。因此，从受感染细胞获得的小RNA可见基于序列依赖性策略和基于分子模式的方法进行病毒发现和表征。
宿主细胞“制造”vsRNA的途经
受病毒感染的宿主细胞可以采用三种途经产生vsRNA: RNA降解、RNase L、RNA干扰 。RNA降解途径是宿主采用核酸外切酶XRN1从5’到3’降解RNA。Rnase L途径由是 2'-5'-寡腺苷酸引导Rnase L形成二聚体，并识别剪切病毒dsRNA。RNA干扰途径有三种类型，能够在病毒感染期间产生vsRNA： miRNA途径、piRNA途径和siRNA途径。
利用vsRNA鉴定病毒
利用vsRNA鉴定病毒
宿主采用不同的抗病毒途径产生vsRNA，这些vsRNA可以被测序，并组装成长的连续序列，再通过组装序列与已知的病毒数据库进行比对，找到相似度非常高的病毒。而当在比对过程中找不到与任何已知的参考序列有相似之处时，则可以利用vsRNA的一些分子特征用来识别潜在的病毒。
利用sRNA分子特征来确定病毒信息
不同的产生途径中形成的病毒smallRNA(vsRNA) 具有不同的分子特征。基于这些分子特征(如：序列长度，碱基偏好性等）可以确定病毒与宿主相互作用的类型。由siRNA途径以外的宿主机制产生的vsRNA的模式还可以提供关于病毒的信息，例如其组织嗜性，siRNA途径的抑制剂的编码以及病毒基因组的结构域。
结论
利用病毒衍生的smallRNA鉴定病毒及其基因组结构是一种新颖模式，能够提高我们识别和表征病毒的能力。
- 发表于 2018-04-22 18:12
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