GOrilla-一个在线GO富集分析的网站

在线GO富集分析

给大家推荐一个进行在线GO富集分析的网站 GOrilla: http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/   可以针对几种比较常见的动植物进行GO富集分析。

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1、第一步是选定物种,下拉列表中的物种涉及了以下几种:


  • Arabidopsis thaliana            拟南芥
  • Saccharomyces cerevisiae        酿酒酵母
  • Caenorhabditis elegans          秀丽隐杆线虫
  • Drosophila melanogaster         黑腹果蝇
  • Danio rerio (Zebrafish)         斑马鱼
  • Homo sapiens                    人类
  • Mus musculus                    小鼠
  • Rattus norvegicus               大鼠

2、第二步是选择提交单列基因还是提交两列基因:


单列基因,也就是要要进行富集分析的目标基因集,两列基因指的是除目的基因集外,还要提供背景基因集,基于第二步选择的不同,第三列需要提交的文件会有差异,前者对应一个提交框,后者对应两个提交框。


3、提交基因集:


在对应的提交框中粘贴上基因,要求格式:以Gene Symbol表示,两两之间Enter分隔,此外还可以接受gene and protein RefSeq, Uniprot, Unigene and Ensembl等表示方式。注意:可以通过提交文件非方式进行,文件格式的要求一致。如果提交背景基因集,按照相同方式处理。


4、选择富集分析的类型,主要包括了GO的三大分类,以及同时进行三项分析(选择all)


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此外还有一些参数的设置和调整,确认后,点击:Search Enriched GO terms即可完成分析。


以部分数据为例,选择人类、单列基因、提交Gene symbol 选择all 并按照默认的设置开始分析,可以获得如下结果:(以Process为例):

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计算的结果在网页中会有具体的解释,根据解释理解即可


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  • 发表于 2018-07-11 10:38
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  • 分类:软件工具

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Daitoue
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