基于 gff 文件构建 TxDb 包

TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的,用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。 如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb (transcript database)包,有两种构建方式,一...

TxDb 包是用 GenomicFeatures 包构建的,用于专门注释基因组中转录本、外显子、内含子等的包。

如果是构建从 Ensembl 下载的参考基因组的 TxDb (transcript database)包,有两种构建方式,一种是直接利用 biomaRt 包构建,另一种是利用 .gff 注释文件构建,这里主要说的是第二种方式


if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "GenomicRanges"))
library(GenomicFeatures)
library(GenomicRanges)
gff_file <- "3-79.Final.gff3"
txdb<-makeTxDbFromGFF(gff_file)
  • 发表于 2024-05-15 16:45
  • 阅读 ( 277 )
  • 分类:R

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安生水
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