tassel PCA报错
tassel 跑PCA的时候由于SNP位点太多报错
tassel 跑PCA的时候报错了：
检查了一下发现是SNP超过了允许的数量范围，总的SNP：
tassel PCA允许的SNP数量：
作者推荐使用MDS替代PCA分析，MDS和PCA的作用比较类似，只不过MDS是基于最小线性距离进行聚类，而PCA是基于最大线性相关性进行聚类：
MDS分析需要距离矩阵作为输入，先使用tassel生成距离矩阵：
run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt -DistanceMatrixPlugin -endPlugin -export DistanceMatrix -runfork1
然后运行MDS：
run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -importGuess DistanceMatrix.txt -MultiDimensionalScalingPlugin -endPlugin -export MDS -runfork1
报错解决：
- 发表于 2024-04-01 18:19
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- 分类：遗传进化
