tassel PCA报错

tassel 跑PCA的时候由于SNP位点太多报错

tassel 跑PCA的时候报错了:

attachments-2024-04-TIir4cOv660a877499ba4.png

检查了一下发现是SNP超过了允许的数量范围,总的SNP:

attachments-2024-04-FKvUzmKM660a87bfd0b4e.png

tassel PCA允许的SNP数量:

attachments-2024-04-dZ645MDr660a87f02f7df.png

作者推荐使用MDS替代PCA分析,MDS和PCA的作用比较类似,只不过MDS是基于最小线性距离进行聚类,而PCA是基于最大线性相关性进行聚类:

attachments-2024-04-tlMUHxmB660a887858de1.pngMDS分析需要距离矩阵作为输入,先使用tassel生成距离矩阵:

run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt -DistanceMatrixPlugin -endPlugin -export DistanceMatrix -runfork1

然后运行MDS:

run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -importGuess DistanceMatrix.txt -MultiDimensionalScalingPlugin -endPlugin -export MDS -runfork1

报错解决:

attachments-2024-04-dbrfD4NA660a89f6228a0.png

  • 发表于 2024-04-01 18:19
  • 阅读 ( 95 )
  • 分类:遗传进化

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