muscle新版,旧版使用的一些差别

muscle新版,旧版使用的一些差别

muscle新版,旧版使用存在一些差别:

1.旧版:以muscle V3.8.31为例,muscle  -in <inputfile> -out <outputfile> -in 后加输入文件,-out 后接输出文件
 -in 后加输入文件,-out 后接输出文件


即:muscle  -in in.fa -out  out.fa

attachments-2023-03-CTJsRrV763ff2357178d6.png

2.新版以muscle 5.1版为例:muscle -align input.fa -output aln.afa

-align 后接输入文件 -output 后接输出文件

3.如果序列多,可改为: muscle -super5 input.fa -output aln.afa

attachments-2023-03-QhaG67Ve63ff2150e63a7.png

4.SEED是其隐马尔可夫模型(HMM)的参数,muscle利用的ppp算法是随机量调整其隐马尔可夫模型(HMM)的参数。这些调整称为扰动。

HMM 参数是 0 到 1 范围内的概率。按照惯例,SEED=0表示没有引入扰动,因此 使用默认的 HMM 概率。

5.其他参数:
-NT   : 输入序列使用核苷酸字母表(默认自动检测)。
-amino  :输入序列使用氨基酸字母表(默认自动检测)。
- N   :  线程数

通常来说,Muscle的默认参数能满足大多数使用场景,保证了能最快最精准地生成比对结果。但是对于较大的输入序列,为了提高速度,也可能需要调整参数,其他常见的参数详见Muscle的文档。

MUSCLE documentation (drive5.com)

参考文献:Edgar, Robert C. "MUSCLE v5 enables improved estimates of phylogenetic tree confidence by ensemble bootstrapping." BioRxiv (2021).

  • 发表于 2023-03-01 18:04
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  • 分类:软件工具

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生信阿姨
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