motif分析及meme的各项参数

motif分析及meme的各项参数

分析motif可能会遇到的问题

1.分析过后有些基因没有找到motif,此时需要调整meme参数重新查找一下:

举例:第一次输入的命令为:

meme      protein.fa     -protein    oc    ./ -nostatus   -time   18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 200 


计算的结果发现某些基因没有查到motif的结果,此时我们需要修改输入的命令

修改的原因:根据第一次分析的motif结果进行修改参数,举例;第一次分析结果,某些基因没有找到motif,可能是motif的氨基酸长度较长,因此可以调节搜索的上限值,同时也可以调节查找的motif数量值,这样可能会更容易查找)

即在Linux输入的命令如下:

meme      protein.fa     -protein    oc    ./ -nostatus   -time   18000 -maxsize 6000000 -mod anr -nmotifs 20 -minw 6 -maxw 300 

 

为什么要这样修改以及各项参数所代表的含义:

meme:名为memed的程序

protein.fa :查询的序列蛋白质文件

-protein: 输入的是蛋白文件,因此为 —protein

-oc ./ :输出到当前目录

-time 18000:meme搜索序列的时间是18000s,时间设置的长一些是为了让meme反复搜,以致于可以找到序列

-maxsize 6000000:指定输入文件的大小

- mod anr :模型选择anr即可

nmotifs 15 :在搜素的序列当中一共搜素的motif个数

-minw 6:搜素motif长度范围,最小有6个氨基酸

-maxw 200 :搜素motif长度范围,最大有200个氨基酸


更改的参数:

-nmotifs 10  →20

-maxw 200 →300

meme的各项参数:

attachments-2023-01-76oFsDCl63bbc275ebc1b.png

  • 发表于 2023-01-09 15:14
  • 阅读 ( 128 )
  • 分类:软件工具

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生信阿姨
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