contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件

contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件


注释基因组文件 contig gff  to  scaffold/chromosome gff

python3  -m jcvi.formats.chain fromagp genome.final.agp  scaffold.fa  genome.fa



得到:genome.final.chain  再用 liftover转换:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver


liftOver -gff scaffold.gff3 genome.final.chain genome.gff3 unmapped


The arguments are:

  • scaffold.gff3: scaffold annotations (INPUT)
  • scaffold_to_genome.chain: translations (INPUT)
  • genome.gff3: genome annotations (OUTPUT)
  • unmapped: things that fail (OUTPUT)


或者用

CrossMap.py gff genome.final.chain scaffold.gff genome.gff
  • 发表于 2022-11-17 21:14
  • 阅读 ( 79 )
  • 分类:基因组学

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