awk将多行序列变为一行(Fasta序列文件)

将多行序列变为一行|删除ID后的注释信息并将ID与seq分行>输出新文件

将多行序列变为一行|删除ID后的注释信息并将ID与seq分行>输出新文件

命令行:

awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' cds.fa|sed 's/trans=[a-zA-Z0-9]*\-[A-Z]*//'|sed 's/length=[0-9]* /\n/'>cDNA.fa

原始序列文件:

attachments-2022-05-psTQte6X628c94fa7ffe5.png结果序列文件:

attachments-2022-05-LkSmoC1T628c95c938b9f.png

  • 发表于 2022-05-24 16:23
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