GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

GWAS根据遗传率和QTL的数量产出模拟表型数据

Table S1. Example of R script that was used to simulate a trait, having Heritability=60% and number of QTLs=20 (H60_Q20), using the marker data of 31,260 SNPs for 346 soybean accessions.

#Read Soybean
Genotype data file
D<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)
dim(D)
D=D[,2:31261]
D1=as.data.frame(as.matrix(D))
D2=t(D1)
QTL <-100*(1:20) #pick 20 QTL
u <-rep(0,31620) #marker effects
u[QTL] <- 1
g <-as.vector(crossprod(D2,u))
h2 <- 0.6      #heritability
y <- g +rnorm(346,mean=0,sd=sqrt((1-h2)/h2*var(g)))
#Saving simulated file write.table(y,"H60Q20.txt", sep="\t")


参考文献:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2019.01794/full#supplementary-material



  • 发表于 2021-11-18 13:49
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  • 分类:GWAS

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