绘制简单圈图—RCircos包

RCircos包绘制简单圈图
#加载RCicos包,如果第一次使用,需要先安装
install.packages("RCircos")
library(RCircos)

#绘制染色体图形
#导入RCicos包内置的人类染色体数据
data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)

数据展示:

attachments-2021-09-vPNClzex61455d662a951.png

第一列是染色体编号,第二列是染色体片段起始位点,第三列是染色体片段结束位点,第四列是染色体片段编号,第五列是染色体片段颜色。

#设置染色体数据
cyto.info<-UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram
#设置不显示的染色体,如c("chrX", "chrY")
chr.exclude<-NULL
#设置内部环形个数
tracks.inside<-3
#设置外部环形个数
tracks.outside<-0
#导入上面四个基本参数
RCircos.Set.Core.Components(cyto.info,chr.exclude,tracks.inside,tracks.outside)
#列出所有绘图参数
RCircos.List.Plot.Parameters()
#绘制染色体图形
RCircos.Set.Plot.Area()     
RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()

结果展示:

attachments-2021-09-mkp8fj94614556d250998.png

#染色体上添加基因名称及其对应的位置
#加载RCicos包内置的RCircos.Gene.Label.Data数据集
data(RCircos.Gene.Label.Data)

数据展示:

attachments-2021-09-atN8OLbG61455d91e60a7.png

第一列是染色体编号(需要与第一步导入的染色体数据一致),第二列是基因在染色体片段的起始位点,第三列是基因在染色体片段的结束位点,第四列是基因ID。

#指定内容在内侧的环形还是外侧的环形生成
side<-"in"
#染色体上添加基因对应的位置,指定内容在第几个环形生成
track.num<-1
#绘制基因对应的位置
RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data,track.num,side)

结果展示:

attachments-2021-09-sB8zaopv61455938eb57a.png

#染色体上添加基因名称,指定内容在第几个环形生成
track.num<-2
#指定基因名在数据的第几列
name.col<-4
#添加基因名称
RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, name.col,track.num, side)

结果展示:

attachments-2021-09-O6EEWsZT61455abe64968.png

#添加直方图类型的环形
#加载内置的RCircos.Histogram.Data数据集
data(RCircos.Histogram.Data)

数据展示:

attachments-2021-09-XBYQ36Di61455daeda9ce.png

第一列是染色体编号(需要与第一步导入的染色体数据一致),第二列是染色体片段的起始位点,第三列是染色体片段的结束位点,第四列是染色体片段突变频率。

#指定以第4列数据做为图形中直方的纵坐标
data.col<-4
#指定内容在第几个环形生成
track.num<-3
#指定图形在内侧环形生成
side<-"in"
#添加直方图
RCircos.Histogram.Plot(RCircos.Histogram.Data,data.col,track.num,side)

结果展示:

attachments-2021-09-ILYqat4361455ce4e279d.png

  • 发表于 2021-09-18 11:30
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