pRRophetic包预测药物敏感性

pRRophetic包预测药物敏感性

Github说明:https://github.com/paulgeeleher/pRRophetic/blob/master/vignetteOutline.pdf

pRRophetic包是一个比较古老的R包,主要用途就是从基因表达数据预测表型(即使用癌症基因组计划CGP细胞系数据预测临床结果),预测外部细胞系(CCLE)的药物敏感性,也可用于临床数据的预测。

这个包不能在Rstudio直接安装,需要外部下载压缩包之后导进R。包可以从http://genemed.uchicago.edu/~pgeeleher/pRRophetic/下载,下载完成后首先要在R中安装他的依赖包

BiocManager::install(c('sva', 'car', 'genefilter', 'preprocessCore', 'ridge'))

之后运行下面这条命令进行安装pRRophetic包

install.packages("pRRophetic_0.5.tar.gz", repos = NULL, dependencies = TRUE)

从CPG细胞系预测临床结果

根据基因表达谱数据进行预测患者化疗效果,基因表达谱数据中行名为基因名,并且数据为matrix矩阵

predictedType<-pRRopheticPredict(exp,"Axitinib",selection = 1)  #以Axitinib为例,预测患者对Axitinib的敏感性

之后会获得每个患者对Axitinib敏感性,后续可结合样本的分组进行检验,观察基于该药物敏感性的组间差异

  • 发表于 2021-09-17 16:57
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  • 分类:R

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