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问题 作共线性分析的时候，用水稻的bed文件，无法获得水稻的cds，是不是因为水稻的cds.fa文件内是os08t0254300-00，而不像拟南芥的at012358.1这样后缀不一样，所有无法过去它的cds

运行这个命令的时候perl get_fa_by_id_from_bed.pl ATH.bed Arabidopsis_thaliana.TAIR10.cds.all.fa ATH.cds 脚本：#北京组学生物科技有限公司 #email: huangls@biomics.com.cn die "perl $0 <idlist> <fa> <OUT>" unless ( @ARGV == 3 ); use Math::BigFloat; use Bio:...

问题 公司的结题报告中，出现一个lncRNA有多种外显子情况

老师，您好。最近在做lncRNA分析，看了公司的结题报告，出现一个lncRNA转录本对应多种外显子个数的情况。 比如lncRNA1，有1个外显子，也有5个外显子的情况，就很困惑，他到底是有1个还是5个？ 请问，这是为什么呢? 谢谢！

文章 蛋白质表达系统的类型及其优缺点

...白的种类也不相同。   2、载体。载体的种类与宿主相匹配。根据宿主不同，分为原核（细菌）表达载体、酵母表达载体、植物表达载体、哺乳动物表达载体、昆虫表达载体等。载体中含有外源基因片段。通过载体介导，外源...

文章 转录组的3种分析模式

经常有学员询问，如何分析转录组的数据，首先我们需要了解一下转录组数据有那些分析的模式。 转录组分析模式 基于是否有参考基因组，是否分析新的转录本，转录组测序的分析模式大致可以分成3种类型，如下图： ...

问题 WGCNA分析需不需要进行log转换？

我看了很多文献，都将FPKM值进行log转换，但是有一些人却不建议转换，他们认为这会降低的变异度。这个到底如何选择？

文章 华为敏捷项目管理实践分享

...审。之后由Scrum Master进行代码审核，确认没有问题后合入版本主干。 ➤ 每天定时执行自动化静态代码检查任务，检查编码安全（如未授信访问）、编码问题（如空指针引用）、圈复杂度、重复率、编程风格，问题清零才允许...

文章 第9期武汉站“基因家族分析实操培训班”开始报名了！

第9期武汉站“基因家族分析实操培训班”开始报名了！ 目前该培训班已在北京、南京、泰安、广州等地开办了8期，学员反馈热烈；第9期将于2019年8月16日—8月18日（周五至周日），在武汉举行，为期3天，小班教学，包学包会...

问题 具有两个结构域的基因家族的分析

...结果文件，我想问下老师这两个结果文件是合并起来继续分析，还是分别分析再合并，如果是前者的话改如何合并，后者的话分析到哪个步骤再合并，文献中说的都不清楚

文章 tassel 软件做GWAS关联分析多年多点表型数据整理格式

GWAS关联分析课程推荐：https://bdtcd.xetslk.com/s/2KgXQq 官方说明见：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/Load/Load#markdown-header-trait-format Trait Format This format does not require users to provide information on number of rows and columns. The...

文章 TCGA 数据的多组学WGCNA联合分析

一般的分析都是针对单一类型的分子进行分析，比如lncRNA, mRNA， miRNA 等，而文章《identifying mirna and gene modules of colon cancer associated with pathological stage by weighted gene co-expression network analysis》则结合Gene,miRNA 分别进行WGCNA的分析，获得...

文章 空间转录组动力学分析

动力学分析参考：https://github.com/TheJacksonLaboratory/PDX-melanoma-integrated-analysis In [18]:sys.path.insert(0,f"{script_dir}/python_lib") fromplotsimport plotSpatialAll fromplotsimport plotPhiHeatmap, plotFiForAd fromutilsimport computFullGridVelocity, getGridPhi, getGridVelocityFo...

文章 相关性分析及散点图绘制-脚本使用

相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量进行分析，从而衡量变量间的相关程度。变量之间相关程度的量化使用相关系数r，常见的相关系数有Pearson相关系数、Spearman相关系数以及Kendall相关系数。相关性散点图可以更直观...

问题 LD衰减分析

您好，课程的数据demo关于GWAS中的LD衰减分析中的脚本是PopLDdecay -InVCF  ../00.filter/all.varFilter.vcf.gz \         -SubPop  popid.txt -MaxDist 500 -OutStat ld.stat。然而在群体遗传进化LD衰减分析中的脚本是 PopLDdecay -InVCF  $workdir/00.filter/clean.vcf....

文章 生信分析-小提琴图绘制-脚本使用

...度，这种图表结合了箱线图和密度图的特征，常用于生信分析中。 例如：2021年发表在Briefings in Bioinformatics上的一篇影响因子为11.62的文献为例，该文献中大量运用了小提琴图来展示多组数据的分布状态、概率密度以及它们之间...

文章 生物信息分析用笔记本推荐-2020年618前夕

...经开始嗨了，不少想换笔记本的同学来咨询我们：做生信分析，买哪款笔记本好呢？ 其实早在去年我就写了一篇文章，系统的讲解了下做生信分析用的笔记本的选购原则（点此观看），今年就来点更直接的，根据性能高低推荐3...