...我在cytoscape中使用conet插件绘制互作网络图，我上传了两个文件，第一个文件是图一，第二个文件是图二，我不想用OTU的ID号做分析相，想做门水平的细菌，第二个表是抗性基因的数据，想观察抗性基因和门水平菌的共现性网络...
...出入，不知道如何择选的，因为genecode上面没有单独mRNA这个数据包 也根据视频下载的是核染色体的基因注释，这就使得非编码和编码的都包含了，这个从我打开文本也可以看出是这样的。 然后我想获取编码RNA，我之前没仔细...
...一步，生成bowtie.sam和fin.sam文件的时候，可不可以分别做2个，就是因为测序批次问题，可不可以分开2次进行去宿主生成.sam文件，然后前后2次所有的文件放在一个文件夹里，一起进行下一步？ 还有，组装的时候，可不可以单样...
...ge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf 但如果遇到只有一个样品时会生成空的vcf。这时候可以改成如下命令运行： ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge sample_files 1000 1 1 1 0 30 all_sample_sv.vcf ...
...时在描述差异基因的GO富集情况时，显著性气泡图是以TOP几的P值或者Q值来衡量和呈现的。而GO二级分类柱状图是直接以富集在该条目上的基因数量来呈现的。有的条目上富集的基因特别多，但是P值或者Q值比较大，达到0.99，选择...
...完全一样，再转化成txt制表符文件格式后输入，选择第二个选项（由biom格式转化来的文件），结果报错。把测序公司提供的biom格式文件输入，选择第三个选项（biom HDF5格式，还是报错）。因此我推测是我的原始数据的问题，所...
转录组分析的常用分析流程，目前都由Hophat + cufflinks 组合转向了 采用HISTA + StringTie 组合。该组合的Protocol 可参考发表在Nature Protocol 上的文章“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 首先来看...
...input filter---method--row minicc中输入的数字的含义是什么，这个数字的大小根据什么确定呢？ 在Method menu进行相关性、相似性以及距离计算方法的选择。比如我只想保留pearson,spearman系数>0.8的边构建网络，如何进行设置呢，看教程...
...练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网下载 https://docs.qiime2.org/2022.8/data-resources/ 方法注释在训练分类器之前，我们要弄清楚三点：1.选择合适的数据库；2.扩增引物；3测序序列长度分布（此步骤可选择使用）。 在本...
在使用GATK 进行SNP calling前，我们通常需要使用picard中的ReorderSam功能对原始sam文件中的染色体进行重新排序： java -XX:ParallelGCThreads=5 -Xmx50g -jar picard.jar ReorderSam -I bam -O bam -SD dict 下面是两种常见的报错和解决办法: 1.bam has invalid ...
...以为是其他包中的颜色无法识别， 后来使用了默认的四个颜色，也用了ggplot2包自带的色版，都不可以，应该是代码没输入正确，请老师帮忙看看，谢谢！
...没有BioSequence Structure Drawers——Amazing Optional Gene Viewer 这2个选项，如图： 请问这是什么原因呢？我的TBtools软件是在基因家族分析课程里下载的。
...过程会同时安装成功"xlsxjars","rJava") install.packages("xlsx")library('xlsx')library('xlsxjars')library('rJava') 准备的数据文件read.xls涉及两个sheet > sheet1 = read.xlsx("read.xls",1) ##sheet对应第一个> sheet1 Samples Num1 A 12 B 23 C 3 > ...