GO富集二级分类柱状图和显著性气泡图的问题

老师好!写文章时在描述差异基因的GO富集情况时,显著性气泡图是以TOP几的P值或者Q值来衡量和呈现的。而GO二级分类柱状图是直接以富集在该条目上的基因数量来呈现的。有的条目上富集的基因特别多,但是P值或者Q值比较大,达到0.99,选择气泡图时并不能体现出来。若选择以分类柱状图来体现时,就相当于没有考虑P值的情况,这个时候您觉得是柱状图还是气泡图更能说明GO富集情况代表性?


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1 个回答

Daitoue

二级分类柱状图应该试整体情况吧,气泡图这是针对显著的情况进行说明的,如果文章的重点讨论那些显著的情况当然气泡图更合适,二级分类更适合说明整体情况,仅做一个初步合概括性的了解而言。

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