...ited at GenBank under the accession PRJNA356989. 想下载该篇文献中某一样品的fastq原始数据，看了一些下载教程，方法各异，看完思路还是不清晰，以下记录我的操作步骤，仅供参考。其中红色圆圈为步骤记录，蓝色为补充或其他选择...
...Consensus Clustering 的基本原理假设：从原数据集不同的子类中提取出的样本构成一个新的数据集，并且从同一个子类中有不同的样本被提取出来，那么在新数据集上聚类分析之后的结果，无论是聚类的数目还是类内样本都应该和原...
#方法1： ## plink分析PCA plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz --pca 10 --out plink_pca \ --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --vcf-half-call missing #绘图 pca_plink_plot.r -i plink_pca.eigenvec -f $GROUP -g group --name plink_pca #方...
...右击我的电脑->属性->高级->环境变量->用户变量中单击[新建(N)]添加以下环境变量 1.配置JAVA_HOME 新建JAVA_HOME 变量名 JAVA_HOME 变量值 C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_152 你的jdk安装地址 2.配置PATH ...
老师，是这样的，我的物种是川桑（Morus notabilis），没有收录在在Ensembl数据库，所以我是在川桑数据库下载的genome，gene，cds及protein。如下图 然后在NCBI上下载了川桑的GFF注释文件，如下图 老师，下图是我根据视频学习找到...
...身的基因组多100倍，有1000到1150种细菌定植在肠道内，其中约160种是人体肠道的优势菌群。已有研究表明人体微生物与很多人类疾病息息相关。如肠道微生物分泌的神经递质，可调节肠道神经系统中的神经信号，导致帕金森病、...
HISAT2比对时报错|sam文件为空白，summary文件为(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)，后续检查了内存什么的下图请问为何执行不了，是运行空间不够还是什么？
...RNAseq数据做分析，之前不同时间处理的样品，call表达量用的基因ID不一样。现在想统一下。 由于不同批次测序类型也不一样，有双端测序也有单端测序结果。样品是各种用胁迫处理，比如说高温低温干旱处理还有对照 这些样...
../../script/gwas_manhattan_plot.r -i mlm_pvalue.txt -F msu7.0_bowtie2.fa.fai -T Grains_per_panicle -n grains_per_panicle_manhattan -c 1.3e-6 --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: www.omicsclass.com --> Recommended to learn R language: --> https://study.163.com/cour...
...据。fasta2genlight()函数的主要作用就是从比对好的fasta文件中提取snp数据，存入到genlight对象中。 三、从DNA序列中提取多态性可以通过 genind 对象或 genlight 对象来有效处理。对于较大的(接近全基因组)数据集，可以使用 fasta2genlight...
...下面就通过一篇2018年9月10日发表在Frontiers in plant science（中科院分区: 2区；IF=3.678）题为Genome-Wide Identification and Expression Profiling of the TCP Family Genes in Spike and Grain Development of Wheat (Triticum aestivum L.)的文章，一起来学习下基因家族分...