问题 请问怎么用RNAseq获得的counts数据，再计算相应的FPRM值呢？求较详细方法或建议。谢谢了

问题 做基因家族成员鉴定时，如何从NCBI数据库里下载转录组unigene的蛋白质序列文件？

问题 您好，我再用ftp上传数据到NCBI上出现了和您一样的问题，请问您解决了没有呢？

问题 大佬们，想咨询个问题，如何从公司测回来的转录组数据找出自己想要的某个功能的差异基因呀？

问题 老师！求解答！在TCGA数据基因ID转换中出错！!

> Ensembl_ID_TO_Genename <- get_map("../gencode.v34.annotation.gff3")  Treat input as file |--------------------------------------------------| |==================================================| Warning message: In data.table::fread(input, header = FALSE) :   Stopped early on line 26...

问题 老师您好，请问个人电脑改装成Linux系统的话配置为32g 加 2T，跑小麦数据可以嘛？

问题 老师，你好！ATAC-seq数据分析中，peak是clean reads拼接后得到的序列么？

问题 老师，您好！我同时测了二代和三代转录组，都是无参，数据看不懂，有没有这方面的课程？

问题 TCGA分析得到的risk score如何用自己的数据进行验证，定量pcr可以吗？

通过学习TCGA生存分析课程，得到了几个基因的risk score，但现在我想用自己的样本进行验证，是不是必须测序，就用定量pcr可以验证吗，该怎么计算？

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...去进行其他的分析，同样会是“nc”,例如下面这张表格的数据就是基于Ts/Tv的结果计算了遗传距离，导致遗传距离的结果也无法计算。（Oppen M J H V 2004） 那么我以自己的例子来演示一下，当我的Ts/Tv数据为“nc”,进行一个遗...

问题 请问三倍体重测序数据可否用于2n配子形成机制的研究

... 有一个关于三倍体的疑惑，想请教：通过送样重测序和数据分析，能解决这个问题吗？ 母本发生自然突变，得到2n配子，与父本正常配子n杂交，得到三倍体子代3n。 2n配子形成方式，主要有两者类型，FDR和SDR： 第一次减数分...

文章 KEGG数据库-pathway注释信息下载

前面我们介绍KEGG数据库下载中前两部分： 1. KEGG 中蛋白序列的下载 2. 蛋白对应的pathway 相关注释 有了这两部分，我们就可以对不同物种的氨基酸序列进行注释分析。如果要对蛋白在pathway上进行可视化标注，那就需要下载pathwa...

问题 我在NCBI上下载的CDS数据，在进行提取基因家族的CDS序列时，提取不出来

我看到CDS文件里的ID与基因家族ID不对应，多了前缀和后缀，然后我想询问老师怎么在notepad里批量删除以下的信息

文章 回归分析中R2的意义

...到。一般应该在0.99以上。越接近1，说明这条直线与原始数据（实际测量数据）越吻合。 当根据实验数据进行曲线拟合时，实验数据与拟合数据之间的吻合程度，用一个与相关系数有关的量R的平方来评价，R2值越接近1，吻合程...

问题 老师你好，我想问一下亚基因家族没有pfam号的话，使用blastall，那比对率要设置多少合适呢？

...一下比对率，这个阈值设多少合适呢？或者有什么更好的筛选办法吗？谢谢