老师你好,我想问一下亚基因家族没有pfam号的话,使用blastall,那比对率要设置多少合适呢?

我现在打算做大基因家族里面的几个小家族,小家族没有pfam号,结构域也是整个大家族共有的,现在用blastall(e-5,没筛比对率)找到了三百多个基因,去查大家族的结构域,最终筛到两百多个。但我查了一下在有研究过的物种内,这个小家族都是只筛到了十几二十个基因左右,我现在打算筛一下比对率,这个阈值设多少合适呢?或者有什么更好的筛选办法吗?谢谢

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