KEGG数据库-pathway注释信息下载

KEGG数据库-pathway注释信息下载

前面我们介绍KEGG数据库下载中前两部分:

1. KEGG 中蛋白序列的下载

2. 蛋白对应的pathway 相关注释

有了这两部分,我们就可以对不同物种的氨基酸序列进行注释分析。如果要对蛋白在pathway上进行可视化标注,那就需要下载pathway想的注释文件。主要有3类:

1. KGML 文件:

这个文件是对pathway 进行定义的文件,修改该文件就可以对代谢通路进行改变,比如通过颜色标注一些基因的差异表达信息。访问API地址:

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/kgml

其中ko05130 是KEGG中pathway的编号。

2.  conf文件

conf 文件是对代谢通路中不同蛋白进行关联的文件,比如同一个酶,在不同的物种中对应不同的蛋白编号。

访问的API地址:

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/conf

其中ko05130 是KEGG中pathway的编号。

3. image 文件

这个文件就是我们看到的代谢通路图片。访问的API地址:

http://rest.kegg.jp/get/ko05130/image

其中ko05130 是KEGG中pathway的编号。


通过这3个文件,我们就可以对pathway 进行一些可视化的定制了,比如关联不同的基因信息,标注基因的上下调信息等

  • 发表于 2018-09-30 10:52
  • 阅读 ( 5832 )
  • 分类:转录组

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