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文章 Excel快速画出美观饼图

...直接分析数据,合理形成初始图片,之后进行多方面细节调整即可。 2、如果没有圈选该两列数据,直接点击“插入“,并选择了饼图,设定图片类型,将显示出空白图表区。此时需要右键点击图表区——>点击“选择数据”...

问题 我想问下我在可视化的时候,部分窗口(点)展示不完全(只展示半个点)我应该怎么调整?点的大调整过了 还是不行。需要用哪个参数进行调整呀?谢谢各位大佬!

问题 单细胞测序数据做聚类分析后图片聚类结果不清晰且很丑,应该调整哪些参数?怎么调整

老师好!单细胞测序数据做聚类分析后图片聚类结果不清晰且很丑,应该调整哪些参数?怎么调整

文章 blast 中的e-value值如何理解?

最近在使用blast进行序列检索的时候,有两个比较重要的评价标准,即Max score和e-value: score值很好理解,即根据不同的打分矩阵,对序列间的匹配程度进行打分,得分矩阵比如PAM和BLOSUM(氨基酸): e-value值的概念看起来就相...

文章 R markdown 常用设置

...使只有一个错误,文档生成也会失败。 12.当R Markdown文章比较长,包含的R代码比较多, 或者代码段运行需要比较长时间时,反复编译整篇文章会造成不必要的计算,因为有些代码段并没有修改,依赖的数据也没有改变。 knitr提...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...IG)。DEG基因和DEIG基因分别绘制表达热图: univariable Cox 回归 基于608个DEIG基因的表达量,利用单因素cox回归分析筛选到16个与预后相关的显著PIGs(prognosis‐associated immunity genes): Lasso cox模型构建与优化利用lasso cox方法优化筛...

问题 重复文章代码出错

...在“人工智能(AI)在微生物组中的应用-随机森林分类与回归预测 ”一文中,运行到第10步(如上图)出错,提示:Error in rfImpute.default(m, y, ...) : No NAs found in m    请问,该如何解决,谢谢!

文章 univariate_cox.r 临床数据单因素cox回归分析

使用方法: 指定单个变量做cox回归分析,可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvar...

文章 细胞培养步骤梳理:细胞复苏、传代、冻存中的细节问题

...状态来说,培养瓶和培养皿没有太大区别,主要在于安全系数(培养瓶>培养皿)、培养细胞数量(大培养瓶>培养皿)。但是培养瓶成本也会相对较高,因此无特殊要求,一般选择培养皿即可。 三、细胞的复苏与冻存(原则是慢冻...

问题 .errorbar出图调整

老师请教一下在10.function_picrust这里出图之后发现大量的图数值重叠,p值显示不全,能不能进行调整或者出图代码添加美化的修饰,请老师指教

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

...量变量间的相关程度。变量之间相关程度的量化使用相关系数r,常见的相关系数有Pearson相关系数、Spearman相关系数以及Kendall相关系数。生信分析中常绘制热图直观清晰地了解两两变量间的相关性。 在2021年发表于The Journal for Imm...

问题 docker使用时没法连接虚拟机和自己的电脑硬盘

...是虚拟机和我的电脑里的关联不上的意思吧。但不知道该如何解决这个问题。如下图: 虚拟机的设置也没有动过。 请教老师,这个问题该如何解决呢? ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 现在每次打开docker...

文章 cmplot调整四周空白区域的大

和直接绘图使用per函数调整mar不同,cmplot包里自带了mer参数以调整四周空白区域的大 用法类似 mar <- c(2, 2, 2, 8)CMplot( snp, plot.type = "d", bin.size = opt$binsize, chr.den.col = color, main = opt$main, file.name = opt$name, file = "jpg", file.outpu...

文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...据以外也为我们提供了很多好用的工具。病毒的基因组比较,通常不会像大型基因组那样释放的时候带有gff3和gtf文件,此时如果我们想获得病毒的gff可以在send to中选择保存文件的格式: 通过这个方式保存的gff格式如下...

问题 对于标准化的数据应该如何绘制火山图呢?

因为数据有正负之分,此时直接求比值就不能够体现出二者的大差异,可以作差比较吗?