...IG）。DEG基因和DEIG基因分别绘制表达热图： univariable Cox 回归 基于608个DEIG基因的表达量，利用单因素cox回归分析筛选到16个与预后相关的显著PIGs（prognosis‐associated immunity genes）： Lasso cox模型构建与优化利用lasso cox方法优化筛...
使用方法： 指定单个变量做cox回归分析，可以是临床数据 $Rscript $scriptdir/univariate_cox.r -h usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/univariate_cox.r [-h] -i data -t time -e event -v variate [variate ...] [-b blocksize] [-o outdir] [-p prefix] unvar...
老师请教一下在10.function_picrust这里出图之后发现大量的图数值重叠，p值显示不全，能不能进行调整或者出图代码添加美化的修饰，请老师指教
因为数据有正负之分，此时直接求比值就不能够体现出二者的大小差异，可以作差比较吗？
...据以外也为我们提供了很多好用的小工具。病毒的基因组比较小，通常不会像大型基因组那样释放的时候带有gff3和gtf文件，此时如果我们想获得病毒的gff可以在send to中选择保存文件的格式： 通过这个方式保存的gff格式如下...
...据统计 2.4 统计结果中，如果read1和read2 比例比较接近，则为普通的问题，如果两者的比例差别比较大，则为链特异性文库，一般文库的链特异性达到90% 可以认为文库是合格的。 如果您对转录组的数据分析感兴趣...
和直接绘图使用per函数调整mar不同，cmplot包里自带了mer参数以调整四周空白区域的大小 用法类似 mar <- c(2, 2, 2, 8)CMplot( snp, plot.type = "d", bin.size = opt$binsize, chr.den.col = color, main = opt$main, file.name = opt$name, file = "jpg", file.outpu...
...状态来说，培养瓶和培养皿没有太大区别，主要在于安全系数(培养瓶>培养皿)、培养细胞数量(大培养瓶>培养皿)。但是培养瓶成本也会相对较高，因此无特殊要求，一般选择培养皿即可。 三、细胞的复苏与冻存(原则是慢冻...
...量变量间的相关程度。变量之间相关程度的量化使用相关系数r，常见的相关系数有Pearson相关系数、Spearman相关系数以及Kendall相关系数。生信分析中常绘制热图直观清晰地了解两两变量间的相关性。 在2021年发表于The Journal for Imm...
通常我们在做差异基因分析的时候，有不同的分组，然后做韦恩图比较一下分组总特有和共有的基因ID，但是如何取得韦恩图各部分数字背后的基因ID呢？：
...是虚拟机和我的电脑里的关联不上的意思吧。但不知道该如何解决这个问题。如下图： 虚拟机的设置也没有动过。 请教老师，这个问题该如何解决呢？ ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ 现在每次打开docker...
...，直接上传。导致可视化后三圈数据之间位置相互影响，调整某一圈位置时其它圈位置也会放大或缩小。 最后选择了单个文件上传，在调整好上一圈标签的位置后再导入下一个文件，这样就不会相互影响了。
...何提取呢？”您回复：“可以适当删除些gap”。我的序列比较复杂，由于外群种序列与内类群差异比较大（外群种已经是内群物种亲缘关系最近的了，但由于分化时间久远，差异特别大，部分区域比对不上，如下图，最后2条是...