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文章 R语言基础入门—运算符!

运算符是一符号,通知编译器执行特定的数学或逻辑操作。R语言具有丰富的内置运算符,共以下5种类型的运算符。 运算符的类型 R语言中拥有如下几种运算符类型: 算术运算符关系运算符逻辑运算符赋值运算符其他运算符...

问题 GWAS分析后选择关联区域(基因)

根据p值获取关联区域中,为什么要用如下语句以合并P值 cat pvalue.bed  region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么,可否像之前录像讲的那样不用这语句吗?

问题 物种内共线性对数太少调节哪数值可以多一些?

我这里有204基因,用mcscan X做出来的物种内共线性只有四对,可以调节某数值来增加对数吗?我反复观看了课程视频只看到了在blast比对那里有调节参数的地方,是需要修改默认参数e-10那里吗?要是修改e值是调大还是调小呢...

问题 老师您好,想向您请教关于GWAS分析时的问题

...也没有报错.o文件也显示成功完成,前边map文件也显示28染色体,不知道那里出了问题,请老师指教,谢谢!

文章 感兴趣的蛋白,如何研究它的结构-Phyre2工具使用介绍

...呢?很多人还只停留在定量水平,蛋白质表达量肯定是一值得考虑探究的因素,但是蛋白质的空间结构与其功能更是相关;蛋白质结构预测你会吗?今天给你分享一款很实用的蛋白结构、功能和变异预测分析的在线工具,感兴...

文章 samtools tview 可视化查看比对结果

...查看特定位置的比对情况: 命令行如下: samtools tview -p B05:53425172 accepted_hits.bam Bju.genome.fa DNA重测序比对结果: 结果说明: “.” 比对到正链;“,” 表示比对到负链;“<”或“&gt;” 表示reference skip   RNA-seq当中内含...

文章 U盘安装 CentOS 注意问题

...上面的解决方案有很多资料,在查阅相关资料时,发现一最优解。完全不需要启动时修改 grub 配置信息。发现原因是ISO映像文件的驱动器卷标太长,与FAT32驱动器不兼容所致。具体解释如下:ISO映像文件中的驱动器卷标很长,...

文章 借助perl脚本进行文件整理 | 将按第一列信息整理的文件改成按照第二列信息整理

...,是按照第一列内容进行展示的,如下图:A    green;red;blueB    yellow;greenC    red;blue;grey;pink;blankD    green;grey现在想将文件按照第二列数据进行整理查看,如下图:blank   Cblue    A Cgreen   A B Dgrey    C Dpink    Cred     A Cyellow  ...

问题 mRNAid_to_geneid.pl出现错误,结果文件只有一行

老师,问答页面不能显示图片,我现在有问题:gff文件是这样的:,运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的, ,请问怎么解决啊?

问题 请问如何合并VCF文件中同一样本的生物学重复信息

...做BSR分析,vcf文件中包含了亲本和混池的snp信息,但是每样本各有3生物学重复,请问这种情况下我该怎么合并这三重复的数据呢?因为不知道怎么处理我目前是只用了其中一组数据来进行的定位。

文章 GO富集分析统计表中差异基因数量不一致

...表格统计的差异基因数量不一致,如下图所示: A_vs_B.GO_ann.stat.xls文件: A_vs_B_GO_enrich.xls 同是extracellular region,差异基因的数量却不相同,这是由于两表统计的方法不太一致: A_vs_B_GO_enrich.xls文件统计时,会在A_vs_B.GO.l...

问题 LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region scaffoldC01:46993000-46994000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt这条代码如何修改能使中间的字体大一点

问题 非模式物种GO与KEGG富集分析人数据运行时出不了结果,寻找解决办法

按照RNA-seq课程教的方面,将自己的课程数据换成自己的数据,得不到结果。中间不知道哪里错了,麻烦老师给解决的办法,谢谢

文章 数据分析代码2__用法

代码有两主模块,DataFetcher and CountSummarizer 前者使用cr调用,用于从根据参考列提取数据, 比如有一文件想根据这里的某一列提取行,参考数据如下 使用代码,得到结果 后者使用ex调用,功能复杂一点,用法比较...

问题 单倍型报错

...cf格式 表型格式 EVM0022117.recode.vcf 脚本如下: library(argparse) # 导入包# Add command line argumentsparser <- ArgumentParser(description='haplotype analysis plot')parser$add_argument( "-i", "--workdir", type="character",default=getwd(),                    ...