文章 CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LIB 还需要装一下这个几个模块 perl -MCPAN -e 'install "Cwd"' perl -MCP...

文章 shell变量使用注意事项

...可以不加括号“{}”使用，但是使用括号限制变量确实是个良好的编程习惯，此外，在shell中关于变量的使用还有一些常见的规则与用法，比如： 变量不能出现在单引号内，只能用双引号引用变量，因为单引号中的内容会原样输...

问题 ParaAT 多序列比对 报错 2.0

...ParaAT 多序列比对查看运行完成的日志文件时，一共有148个这样的报错情况： 在将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性 我查找了其中三个ID对应的cds和pep序列，碱基/氨基酸个数为：cds=pep*3+3，是3倍关系 ...

问题 TCGA分析得到的risk score如何用自己的数据进行验证，定量pcr可以吗？

通过学习TCGA生存分析课程，得到了几个基因的risk score，但现在我想用自己的样本进行验证，是不是必须测序，就用定量pcr可以验证吗，该怎么计算？

文章 lm()多元回归分析结果解读

...程、经纬度的线性模型，并计算模型的F统计量和对应的p值。 数据存在一个叫myData的data.frame中，数据前几列长下面这样：      ID        X        Y   Ele     Temp1 50353 126.6333 51.73333 173.9 0.0550242 50468 127.4500 50.25000 166.4 1.619...

文章 Linux删除组磁盘配额

...如下： 首先关闭用户和组磁盘配额 xfs_quota -x -c "off -ug" /home 清除用户和组配额 xfs_quota -x -c "remove -ug" /home 卸载 umount /dev/mapper/rl_omicsclass-home 只保留用户配额功能 vi /etc/fstab 重新挂载 mount -a 重启服务器 reboot 查看 moun...

文章 BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别？

Bulked Segregant Analysis（BSA，集群分离分析法）是一种快速、有效的对分离群体进行质量性状或者数量性状主效基因进行定位的手段，具有适用范围广、群体要求低、实验成本低的优势。但是很多老师设计了实验、拿到数据之后，...

问题 基因家族分析的蛋白结构预测，怎么比较预测的不同亚类蛋白3D结构的相似性？

还有就是如果同一家族的蛋白结构是相似的，因为是3D，怎么让几个结构相似的蛋白放在一起的图片中，不同蛋白都展现的事相似结构的那面

问题 devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")运行错误

...aticsFMRP/TCGAbiolinks/tarball/master'  有没有大神能帮忙看看是个什么情况啊

问题 老师，问题比较复杂，麻烦您看一下详细的问题描述，小麦基因组

...reFile构建idx索引都因为超出索引范围失败了，我的样有141个，所以用的是生成gvcf文件，现在我应该怎么办啊

文章 变异结果 vcf 格式转换成 hapmap格式

...1&shareId=1030291076 或者扫码二维码： 可以使用tassel GWAS分析软件 转换： perl /share/work/biosoft/tassel/tasseladmin-tassel-v5/run_pipeline.pl -Xms64G -Xmx64G -fork1 -vcf ../gwas_sub/snp.sorted.vcf -export ./hapmap  -exportType Hapmap

问题 老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，但是提取pep序列运行是正确的，这怎么解决呀

文章 qiime2 18S 分类器构建

qiime2 18S 分类器构建：V 2020.8 ##wget -c https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/qiime/SILVA_132_QIIME_release.zip####unzip SILVA_132_QIIME_release.zipqiime tools import \ --type 'FeatureData[Sequence]' \ --input-path SILVA_132_QIIME_release/rep_set/rep_set_18S_only/99/silva...

问题 基因组立调出来序列与NCBI上下载序列有差别

...选的，而后使用自己的转录组数据分析，相比之前多了几个基因，也就加进去了，使用虚拟机进一步分析了，在后期进行理化性质分析时发现虚拟机从基因组里调出来的蛋白质序列与NCBI上的蛋白质序列有出入（起初只是发现蛋...

问题 根据HSF基因的pfam模型在转录组结果中找到很多基因，这些基因都是HSF吗？

老师好，请问一下根据HSF基因的pfam模型在转录组结果中找到2基因，这2个基因都是HSF吗？有什么区别，如果要克隆这个基因应该按照哪个