mRNAid_to_geneid.pl出现错误,结果文件只有一行

老师,问答页面不能显示图片,我现在有个问题:gff文件是这样的:

attachments-2020-10-csoSvClT5f8e6c6c3bcf5.png
,运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt得到的文件是这样的,


attachments-2020-10-BJsOQ9lT5f8e6c83421aa.png

,请问怎么解决啊?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

GFF文件不标准,没有gene位置信息,只有mRNA位置信息所有会出错:

参考解决办法:https://www.omicsclass.com/article/816

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  • 提出于 2020-10-20 12:51

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