文章 find指令报错：path must precede expression

...报错： find ./ -name *txt 当前文件夹下有两个txt文件1.txt、2.txt，该命令报错原因是不符合find的书写规范，上述命令被理解为： find ./ -name 1.txt 2.txt 而"-name"参数后仅能接一个文件，因此正确书写时应在待查找的文件名两侧加单或...

问题 安装docker 进行16S分析物种注释过程很慢

...silva-138-ssu-nr99-338f-806r-classifier.qza \       --i-reads $workdir/2.feature_table/repset-seqs.qza \       --p-n-jobs 2 \       --o-classification taxonomy.qza这个过程中非常缓慢，我想询问这个要多久啊？另外在另一台电脑上我明明给予了足够多的内...

文章 seqkit根据序列ID筛选fasta文件

...UAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAU ACAAUCUACUGUCUUUCCUA >hsa-let-7a-2 MI0000061 Homo sapiens let-7a-2 stem-loop AGGUUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUAGAAUUACAUCAAGGGAGAUAACUGUACAGCCU CCUAGCUUUCCU#多次使用$ zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -r -p ^hsa -p ^mmu -v#根据ID提取序列$ seqkit grep -f i...

文章 解决Putty自动断开问题

...最后Save。这个seconds才能被保存，下次直接使用即可。 2 正确断开session 我们在成功利用putty登录主机后，我们就可以完成大部分的工作。最后要关闭窗口了，这又要怎么做呢？ 我们很多人，包括那些专职维护的人员，都是直...

文章 Shell字符串截取（非常详细）

...到字符串的末尾）。例如： url="c.biancheng.net" echo ${url: 2: 9} 结果为biancheng。再如： url="c.biancheng.net"echo ${url: 2} #省略 length，截取到字符串末尾 结果为biancheng.net。 2) 从右边开始计数 如果想从字符串的右边开始计数，那么截...

文章 ProteoWizard工具的安装与使用

...rceforge.io/download.html     1. 选择下载软件ProteoWizard     2. 根据自己笔记本电脑的操作系统下载对应版本PW.tar.bz2     3. 勾选     4.点击下载到本地文件夹 二、软件安装     1. 对下载的软件进行解压缩     2. 得到PW软件中...

问题 ls ../data/*.fa. |sed -e "s/.fa.//g" -e "s#../data/##g" > ../id.txt执行这条命令的时候，未能得到id.txt文件；2.想问一下：每次关掉putty的时候，都需要重新dockers run进入吗？3.软连接之后发现01.data prepare里面有玉米的数据了如何删除此01.data prepare？4.现在发现需要上传id.txt文件，将11个样本名输到txt文件里面，通过filezilla上传到data，再进行docker run？

问题 根据没有标识转录本是1还是2或3的IDlist基因号名单，在标识了转录本的蛋白质序列文件中搜索，可以把IDlist名单中的所有转录本蛋白序列搜索出来吗？可以改命令达成？这是我的命令seqkit grep -f Nramp_IDlist_final.txt arahy.Tifrunner.gnm1.ann1.CCJH.protein.faa -o Nramp_pep_final.fa 我把IDlist里面名单后面都加了转录本号才搜出来。？

文章 NCBI下载的10X 空间转录组数据如何读入cellranger or spaceranger

...astq.gz # 其中Read Type# I1: Sample index read (optional)# R1: Read 1# R2: Read 2 NCBI下载的数据，为双端reads，不符合spaceranger mkfastq出来的命名规则，后续spaceranger count 无法读入，因此我们要按上述命名规则重新命名文件：fastq文件夹 空间...

文章 转录组数据挖掘的几个建议

...：为了解决什么问题，采用了什么样的实验方案设计。 2. 基因型和表型研究的目的是从基因型到表型的，你的数据反映的是基因的变化，如何跟表型相关联，需要多思考，查查文献 3. 筛选条件要灵活 很多人对差异分析的条件...

问题 老师，关于PASApipeline配置的问题

...i/ceshi/PASApipeline.v2.4.1/PerlLib/DB_connect.pm line 72. Cannot connect to wjsy11: Access denied for user 'shehb'@'localhost' (using password: YES) at /ldata/xiongmei/ceshi/PASApipeline.v2.4.1/scripts/Load_Current_Gene_Annotations.dbi line 71. Error, cmd: /ldata/xiongmei/ceshi/PASApipeline.v2.4....

文章 HiC-Pro 报错检索解决

...sh文件里面去查看，发现报错是由于config文件里面的BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS变量缺失： 我们去检查config-hicpro.txt里面BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS所在的行是否存在行首空格、等号后面没有内容等情况 总结： HiC-Pro运行出现问题的时候可以先...

问题 老师，您好，我按照课程执行重测序里面的变异结果统计与绘图，其中indel可以正常执行，但是snp运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

...art.pl -vcf snp.unknown_multianno.vcf -type snp时总是出错，显示Use of uninitialzed value in division (/) at /work/scripts/vcf_stat.pl line 313.还有Illegal division by zero at /work/scripts/vcf_stat.pl line 312.运算没有结果，请问老师是什么原因呢？

文章 GeMoMa-1.9.jar 报错mbol: g_settings_backend_get_type

...gnome/sources/glib/ export LD_LIBRARY_PATH=/share/work/biosoft/glib/glib-v2.55.2/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

文章 Linux查看IP地址

... ifconfig 你将看到网络接口的详细信息，包括IP地址。 2.ip命令： ip 命令是一个更现代、更强大的工具，用于管理网络接口。要查看IP地址，输入以下命令： ip addr 这将列出所有网络接口的详细信息，包括它们的IP地址。 3.host...