安装docker 进行16S分析物种注释过程很慢

根据课程安装了docker，然后在进行物种分类与组成部分时候，运行特定引物的分类数据库命令qiime feature-classifier classify-sklearn \

--i-classifier $dbdir/my_classifier/silva-138-ssu-nr99-338f-806r-classifier.qza \

--i-reads $workdir/2.feature_table/repset-seqs.qza \

--p-n-jobs 2 \

--o-classification taxonomy.qza这个过程中非常缓慢，我想询问这个要多久啊？另外在另一台电脑上我明明给予了足够多的内存命令还是被kill这是什么原因啊

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2023-09-18 08:06

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个classifier需要内存很大，内存不够可能导致系统kill

内存和存储硬盘不是一个东西，你百度搜索一下补充知识；

windows docker内存设置：https://www.omicsclass.com/article/1413