问题 16S扩增子测序抽平问题。

...大是对tags数进行了抽平之后聚类生成OTU table，获得了1400个OTU物种。我们课题组拿到数据后进行了OTU过滤，过滤后保留了300多个OTU。这时样本OTU总丰度波动范围从2w到6w。在过滤后的OTU table基础上进行后续的分析（多样性，差异特...

文章 使用python绘制卡方分布函数（一）

...是他的别称。他的泛用毋庸置疑，可非数学出生的计算这个还是颇为麻烦，因此我们用简单的python语言来实现卡方分布的计算，这个内容比较多，分两节说，这一节主要是基础语句首先看一下定义：假设k个随机变量相互独立，...

问题 纯生信无实验验证的基因家族文章，比较推荐下面期刊的哪一个？

想问一下，Genes、scientific reports、plos one、Horticulturae、Protoplasma、Frontiers in Genetics期刊，纯生信无实验验证的基因家族文章比较推荐投这六个期刊中的哪一个？投哪一个可以不用补实验，更容易中？

问题 老师运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g' $a > $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹是空的，这怎么解决呀

问题 关于treemix的几个问题

treemix 老师您好，感谢您的课程，帮助到了我。 我有几个关于treemix的问题要问您： 1.关于做出来的图，我的图标太大了，跑到了图外面，根本显示不全；而且，字有重叠，不美观；似然树的红黄图标都压着主图了，想调到主...

问题 MCScan共线性分析画图问题：list index out of range

老师您好 我已经找到了我在chr1A,chr1B,chr1D上同源的一段序列，上面的基因也同源，我相用MCScan画这几个基因的共线性图。但是会报错 我的bed 文件和cds都没什么问题

文章 CAR-T疗法：综合概述及临床应用

...。   抗CD19 CAR-T细胞可有效治疗R/R（复发性或难治性）B细胞恶性肿瘤，如儿童和成人患者的B细胞非霍奇金淋巴瘤（NHL)、ALL和慢性淋巴细胞白血病。CD19是表达于B细胞表面表达免疫球蛋白超家族成员，是CAR靶向治疗的理想靶点之...

问题 PSMC分析作图时物种的繁殖速度参数如何设置

# -g为该物种繁殖一代的时间，比如人的默认为25年，该处值为-g 25 我做的是昆虫，一年可以繁殖3代，此时这个参数应如何设置呢？是0.3吗？

问题 TCGA下载数据报错“I could not find the file”

我按照教程执行命令，想借此下载自己感兴趣的数据 在执行到GDC下载这一步，突然出现下载数据找不到，而出现下载中断，无法继 还有个问题，查询到的样品数目为何和癌症和癌旁样本加起来不一样。。。。少的去哪里了

问题 基因组重测序，read比对到参考基因组时出现truncated file怎么办

做了有十来个数据了，第一次在这里出问题，这怎么处理啊，谢谢各位大佬。

问题 老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

问题 tassel 画进化树报错

#文件格式转换运行完代码后run_pipeline.pl -Xmx40G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile ../00.filter/clean.vcf.gz  \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCF  run_pipeline.pl  -Xmx40G -importGuess  clean.sorted.vcf.gz  \    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phyli...

问题 GWAS文件格式转换的时候出问题

这是运行的命令run_pipeline.pl -Xmx30G  -SortGenotypeFilePlugin -inputFile $vcf  \    -outputFile clean.sorted.vcf.gz -fileType VCFrun_pipeline.pl  -Xmx50G -importGuess  $vcf  \    -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter 这是VCF文件这是报错信息

文章 nomogram_multi_cox.r 多因素cox分析构建模型并绘制列线图nomogram

...用说明： 使用方法类似于基因表达量多因素cox分析https://www.omicsclass.com/article/1533 ，但这个脚本支持输入临床数据用于模型构建并绘制列线图，列线图用的R包rms； $Rscript $scriptdir/nomogram_multi_cox.r -husage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_im...

问题 使用monocle2进行轨迹分析报错

...trajectory_monocle2.r --rds ../05.Find_Markers/CD4.added.celltype.rds \  -g mycelltype -o monocle2_CD4_celltype  这是CD4.added.celltype.rds的内容：barcodeorig.identnUMInGenegrouppercent_mitopercent_hbpercent_ribolog10GenesPerUMIcellsCC.DifferenceS.ScoreG2M.ScorePhasenCount_SCTnFeature_SCTSC...