找到约 15 条结果

文章 lnd无法下载样本名称含有+的数据

...一个同样名称的空文件/在下载地址。 如，样本名称为A+B，在进行lnd cp oss://CP00000/A+B.fq.gz  ./ 的时候会在当前文件夹生成一个大小为0的 A+B.fq.gz。 解决 通过网页登陆到他们的系统之后，可以得到下载地址的链接： 得到的地...

文章 怎么得到基因组之间的结构变异结果？​

...物种内遗传多样性的关键环节。相比单核苷酸多态性（SNPs），结构变异能够解释更多的表型差异和适应性特征。今天我们就来深入探讨泛基因组分析中结构变异的完整分析流程。 数据准备与标准化 在进行比较之前，确保所有...

文章 2019国自然解读：关于CRISPR/Cas9的项目数据怎么样？

...9年度国家自然科学基金项目评审结果揭开面纱，共有41752个项目获得资助，总金额高达213亿元，可谓是历年之最。 而这其中，生命科学部获批资助6478项(不含杰出青年基金项目)，批准资助金额共计32.71亿元，单项平均资助金额50...

问题 TCGAbiolinks使用求助 Downloading genome information (try:0) Using: Human genes (GRCh38.p13) Error: $ operator is invalid for atomic vectors

各位前辈老师们大家好！我在使用TCGAbiolinks包的GDCprepare函数的时候，出现报错，请各位给予分析或者 Starting to add information to samples  => Add clinical information to samples Add FFPE information. More information at: => https://cancergenome.nih.gov/c...

文章 研究生怎样才能和导师打成一片？

...至少你会知道，你可能需要获取其他额外的支持，并能够更好地管理你所期望的与导师之间的关系。 这就是为什么你要在开始时留出一些时间来思考自己的那些期待。 对他人的期望，就是了解自己的过程， 3、尽量让导师了...

文章 免疫共沉淀CoIP实验过程步骤详解，so easy !!

...流程为:收集蛋白样品—诱饵蛋白抗体沉淀诱饵蛋白—SDS-PAGE 分离蛋白—WB 检测是否存在靶蛋白。 实验步骤详解： 一、细胞总裂解液的制备 ①　转染后24h收集细胞，1400r X 3min，4°C离心，弃去上层培养基 ②　冰上静置裂解细...

文章 两分钟看懂基因组注释GFF文件

...接触了基因组相关实验。在做数据分析的时候，会用到一个很重要的文件，就是基因组的注释文件，也就是今天分享内容的主角GFF文件！ 什么是GFF文件 GFF格式是Sanger研究所定义，是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋...

问题 关于构建进化树的序列问题

...做的是无参的物种，用的公司测序给的pep文件，但是有两个pep文件，一个是blast比对到的，一个是estscan预测到的，我将两个文件合起来，参照基因家族分析实操课程中的过程构建了系统发育树，但是从结果来看家族基因成员都比...

文章 植物单细胞转录组文章

...壤异质性，为作物抗逆育种提供新思路。 实验设计，两个基因型（ Xkitaake is a transgenic line containing the XA21 gene），三种土壤条件，共测单细胞18个样本： scRNA-seq of 10 wild type (X.kitaake) grown in gel conditions, 2 wilde type grown in non-compac...

问题 用ALLHIC挂载时，划分Group出现问题

...个物种的基因组大小为 400 Mb，一共12条染色体，在 划分GROUP的时候，其中第一条GROUP很长，有 395 Mb，其余都很小。如下：       1.   sample.clean.counts_GATC.12g1   394863216       2. sample.clean.counts_GATC.12g10  160144       3. sample....

问题 请问一下，FPKM的数据不需要作背景处理、四分位数校正了吗？

我也是看了您的好几个回答，发现您的观点就是FPKM数据不需要作背景处理/四分位数校正，直接使用了。那么为什么这个数据不需要背景处理了呢？

问题 circos作图上染色体颜色的设置

老师，我的基因组做出来的大片段复制特别少，才7个，可能因为它是海洋生物来源的吧。会有大片段复制发生这么少的基因组吗？而且基因家族成员不在这些大片段复制里。不过它们有2对是串联重复就是了。 我的问题是，我...

问题 GEOquery 下载不了数据

if(F){  library(GEOquery)  eSet <- getGEO('GSE112093', destdir=".",                 AnnotGPL = F,                 getGPL = F)  save(eSet,file='GSE112093_eSet.Rdata')}load('GSE112093_eSet.Rdata')b = eSet[[1]]raw_exprSet=exprs(b) phe=pData(b)library(stringr)group_...

文章 indel vcf文件转化为SNPT输入文件

SNP指纹图谱软件SNPT  这篇文章里介绍了SNPT软件，这里记录一下如何将indel vcf文件转换为SNPT软件的输入文件。 命令如下： perl /share/work/wangq/script/vcf/vcf_SNPT.indel.pl -vcf clean.vcf -o SNPT.input.txt vcf_SNPT.indel.pl脚本如下： #!/share/nas2...

问题 具有两个结构域的基因家族的分析

文献中NBS-LRR基因家族有NBS-ARC和LRR两个结构域（个别的前面还有TIR结构域），我现在下了NBS-ACR和LRR1的HMM模型（LRR有好几个模型），用hmmsearch命令分别搜索结构域，得到了两个结果文件，我想问下老师这两个结果文件是合并起来...