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文章 胃癌预后signature数据挖掘-自噬基因

...抵抗中起着至关重要的作用。然而,很少在胃癌(GC)中分析自噬相关基因(ARG)。本研究的目的是使用生物信息学分析分析 GC 中的 ARG,筛选 GC 患者与胃癌相关的预后biomarker。 文章: Front Genet (IF: 3.258; Q1). 2021 Feb22;12:615834...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 分析软件PRAPI

介绍一款Pacbio 三代数据分析的软件 PRAPI, 该软件相关的文章为《PRAPI: post-transcriptional regulation analysis pipeline for Iso-Seq》,我们来看一下该软件的功能。 功能比较强大, 能分析的内容多,而且能结合二代和三代的数据一起分析...

文章 Blast比对软件

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

问题 泛基因家族分析-SV和表达量

老师您好,我执行了以下操作,发现WRKY_gene_fpkm.filter.xls ${ref}结果中,有的品系的基因组没有了,这是正常的吗? #删除一些需要的基因的表达量(B73的一些基因在其他物种中存在同源基因) perl $scriptsdir/grep_famgene_fpkm.pl WRK...

问题 533个品种先根据盐浓度下发芽率,初步在盐胁迫下挑选120个具有同发芽时间的品种(发芽的品种忽略,会导致出现重复表型),然后进一步进行详细表型分析(增加测量性状,如根长、芽长、光谱性状),然后做GWAS关联。

这样的试验设计是否可以回答120个品种,样本太少的问题。

文章 《转录组代谢组个性化数据分析》课程上架

你是否在转录组代谢组数据分析的迷宫中徘徊,渴望掌握关键技能,推动科研项目的进展?我们的 “转录组代谢组个性化数据分析” 课程重磅来袭,为你量身打造通往科研成功的捷径! 课程适合学员:拿到公司给的结果后看...

问题 老师您好,做基因家族分析有几个问题明白想问问您:(1)实在找到组装到染色体的基因组,可以用scaffold水平的画基因重复性图吗?会会影响发文章 (2)能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析,增加一点文章接受几率?(3)用hmmsearch筛选蛋白,构建新模型,再筛选,筛出来200多个蛋白,但是alignment之后发现保守结构域差别很大,gap特别多,是出了什么问题吗?

问题 tcga生存分析

自己按照老师在社区里面发的那个http://www.omicsclass.com/article/173 整理了一个exprSet文本,前面运行都是正常的, 到unicox(‘某基因’)这一步以后,能导出计算的数值, 我想画成图,比如has.mir.206这个miRNA, > group <- ifelse(e...

文章 Rtsne包降维聚类分析

...5max_iter最大迭代次数pca表示是否对输入的原始数据进行PCA分析,然后用分析后的数据进行后续分析,一般选择TRUE library(Rtsne)iris_unique <- unique(iris) #去重复tsne_out <- Rtsne(as.matrix(iris_unique[,1:4])) #运行t-SNEplot(tsne_out$Y,col=iris...

问题 blast建库比对

...blast方法鉴定家族成员,使用NCBI里的拟南芥的水稻全部下,但是这些序列有些是有重复的,我选择在TAIR里下,如图所示,这个基因家族有好几个选项,都是基于拟南芥的,我查了文献,拟南芥里这个基因家族总共是107条,...

问题 基因家族成员鉴定分析中,比如WORK基因:为什么要进行两次hmmer(一次WORKhmmer搜索,一次拟拟南芥hmmer搜索)搜索?意义是什么?还有就是第二次搜索出来的结果为什么还要手动检验一下?第二次搜出来的结果就是有woKY结构域的才能被搜出来吗?(听了您基因家族分析的课,会操作点了,但懂原理)

文章 连锁平衡原理与计算(LD)

...示完全连锁平衡。 视课程推荐: 重测序数据自主分析:https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ群体遗传进化分析https://study.163.com/course/introduction/1212073805.htm?share=1&shareId=1030291076

问题 TCGA有些样本会重复,请问如何处理重复样本?

从TCGA上下的数据,有些样本有重复,请问如何处理?随机选一个,还是合并呢?

文章 定量蛋白质组分析的R软件包proteus

蛋白质组数据采用maxquant 进行鉴定和定量分析之后,还需要进行蛋白的差异表达分析。目前大部分的分析软件都是在windows 上进行分析方便自动化。 为了方便进行自动化的分析,可以采用一个R包proteus来完成。该软件包的下...

文章 混池(BSA)定位必看的10个知识点!

...经典的基因定位方法,BulkedSegregant Analysis(BSA,集群分离分析法)具有适用范围广,群体要求低,实验成本低的优势,能够有效对质量性状或数量性状的主效基因进行定位。 但很多初次接触的老师仍对BSA的取样、提取、测序等...