问题 突然出现不能为虚拟机打开一个新任务，没有找到跟我一样的报错问题。详细报错如下

Call to WHvSetupPartition failed: ERROR_SUCCESS (Last=0xc000000d/87) (VERR_NEM_VM_CREATE_FAILED). 返回 代码: E_FAIL (0x80004005) 组件: ConsoleWrap 界面: IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed}

问题 基因在不同组织的表达量做热图

请问如何利用基因在不同组织的FPKM值做热图？指示颜色范围的值如何标示？看了一篇文章中的热图（如下），颜色范围在-2——2，请问这个是fold-change的值吧，请问是怎么计算的，因为是不同组织，如何得出的倍数值？

问题 单细胞测序数据对合并后的样本进行聚类分析时报错

...R-v4.0.3/lib64/R/library/gridExtra/R/gridExtra. rdb': No such file or directory Execution halted Error: failed to load sRGB colorspace file Fatal error: error during cleanup 想问下老师，应该怎么解决？谢谢老师!

问题 使用SummarizedExperiment包的assay提取miRNA数据的表达矩阵时报错是什么原因？

...oject = "TCGA-BRCA",                   data.category = "Transcriptome Profiling",                   data.type = "miRNA Expression Quantification",                    workflow.type = "BCGSC miRNA Profiling" barcode = TNBC_barcode) GDCdownload(query,method='api',files....

文章 Cox生存分析与KM生存分析介绍 生存分析（Survival Analysis） Cox proportional hazards model

...的时间的统计方法。常见的有1）癌症患者生存时间分析2）工程中的失败时间分析等等。 1.1 定义 1.2 删失(censored) 在生存分析研究中，对于某些实例，会出现在我们的研究期间，并没有出现任何感兴趣的时间，我们将这种情...

文章 R语言数据整理——tidyr包

...度较大的数据转换成一个更长的形式，它类比于从reshape2包中融合函数的功能 　　spread-把长的数据转换成一个更宽的形式，它类比于从reshape2包中铸造函数的功能。 　 gather()相反的是spread()，前者将不同的列堆叠起来，后者将...

问题 基因组间共线性关系图位置信息错误

这里面蓝色条带应该去到下方红色2号染色体(中间，但是成图之后去到了红色2号染色体左端。检查了bed文件也没问题。但是图上的位置显示就是错误的，这有可能是什么原因？

文章 gnomAD人类变异数据库

... http://gnomad.broadinstitute.org/about     https://macarthurlab.org/2018/10/17/gnomad-v2-1/ 目前最新版本为2.1, 更新于2018年10月17日。在该数据库中，也包含了来自不同人群的数据

问题 hisat2建立index时的问题

使用hisat2的两个脚本hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py 提取gtf文件中的可变剪切与外显子时显示为空，我的gtf文件是gff文件转换的，请问是什么原因？是不是gtf文件的问题

问题 WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？

...取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), seed growth (S2), and early seed maturation (S3)，其中前两个时期的取样部位分别为：Seed pod with whole seed（S1），Wh...

问题 在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockShow -Cutline 7 -InVCF $vcf -OutPut LD.p \ -Region Chr1:36000000-37000000 -OutPng -SeleVar 2 -InGWAS ld.pvalue.txt -PointSize 0.8命令时，程序居然报错UnKnow argument -PointSize，请问这是怎么回事呢，如何解决呢？请组学大讲堂的老师麻烦回答一下！谢谢！

问题 单细胞测序使用subset脚本提出子集，再进行拟时分析报错plot_genes_by_group

Error in plot genes by group(cds, top specific marker ids, group cells by = "partition", Only one type in group_cells by. To use plot genes by group, please specify a group with more than one type

问题 基因组组装BUSCO多拷贝过高

物种用流式做出来是3.6G左右，用kmer估计也是3.6G左右，用HiFiasm默认参数组装也是3.6G，但是BUSCO的D数目过高，|C:99.2%[S:3.1%,D:96.1%],F:0.2%,M:0.6%,n:1614 。这个是什么原因呢？后面需要怎么操作

问题 泛基因组

...cript $scriptsdir/core_pan_gene_classify.r -i Orthogroups_PAV.tsv \  -c 0 2 10 17 18 \  -f 'Private' 'Dispensable' 'Softcore' 'Core' \  --prefix family_classRscript $scriptsdir/core_pan_gene_classify.r -i Orthogroups_PAV.tsv \  -c 0 2 10 17 18 \  -f 'Private' 'Dispensable' 'Softcore' 'Core' \ ...

问题 基因的共线性分析

...我目前有9条不同基因序列（来自不同物种的同源序列） 2、我想要分析一下这几条基因序列之间的共线性关系 问题是： 1、我查阅部分文献，很多涉及到微共线性分析，我的这些基因是否可以那么做？如果做的话，是只需要完整...