hisat2建立index时的问题

attachments-2019-12-OWcLvLCz5df365cb9e612.jpg使用hisat2的两个脚本hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py 提取gtf文件中的可变剪切与外显子时显示为空,我的gtf文件是gff文件转换的,请问是什么原因?是不是gtf文件的问题attachments-2019-12-2WCYiA0k5df365be640d6.jpg

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

GTF有问题,你需要整理一下,缺失gene_id

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