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文章 转录本组装软件StringTie的使用说明

...gt;] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>]   [-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]   [-e] [-x <seqid,..>] [-A <gene_abund.out>] [-h] {-B | -b <dir_path>}   选项:     --version : 输出软件的版本信息   ...

文章 利用 NAS 对实验室数据进行存储备份

...Windows中设置NAS参考官方帮助：https://kb.synology.cn/zh-cn/DSM/tutorial/How_to_map_network_drives_from_your_Synology_NAS 2、 macOS系统网络存储设置：https://kb.synology.cn/zh-cn/DSM/tutorial/access_nas_from_mac 数据安全性有保障 NAS网络存储一般多块硬盘之...

文章 华西博士3年发46篇SCI论文，论文高产的秘诀你知道吗？

...inal research 16篇，其它Comments 9篇，Meta分析10篇，另有letter to the editor若干。 平均下来，每篇大概是2~3分的影响因子， 总体来看，邓博士基本上走的是低分高产的路线， 但是，能发表这么多真的也是不容易呀， 平心而论，很多...

文章 组装"预实验" | 基因组调研图

...本名为A） ls /Data/A* | awk '{ print "gzip -dc " $0}' > A_generate.filejellyfish count -t 20 -C -m 21 -s 3G -g A_generate.file -G 2 -o A.sif# jellyfish count：k-mer计数# -t 指定线程数# -C 对DNA正负链都进行统计，表示考虑DNA正义与反义链。如果是双端测序reads...

文章 蛋白质比对软件 blastp psi-blast phi-blast

...假基因或推测的基因序列时（"hypothetical protein" or "similar to..."），你可以选择PSI-BLAST重新试试。 3，PHI-BLAST : 模式发现迭代BLAST PHI-BLAST can do a restricted protein pattern search. PHI-BLAST, 模式发现迭代BLAST, 用蛋白查询来搜索蛋白数据库...

问题 在callsnp过程中形成db文件时出错，但是可以形成db文件夹，我继续往下做，gvcf转化成vcf得到的结果文件没有SNP行，只有上边的注释行和表头

...nitialization when the number of intervals is greater than 1. Falling back to serial VCF reader initialization. 15:54:41.529 WARN  IntelInflater - Zero Bytes Written : 0 15:54:41.529 WARN  IntelInflater - Zero Bytes Written : 0 15:54:41.529 WARN  IntelInflater - Zero Bytes Written : 0 15:54:4...

问题 GATK报错Caused by: java.io.IOException: Input/Output error

...lotypeCaller - Shutting down engine[4:41:18] org.broadinstitute.hellbender.tools.walkers.haplotypecaller.HaplotypeCaller done. Elapsed time: 2,543.94 minutes.Runtime.totalMemory()=11156848640htsjdk.samtools.SAMException: Unable to load ptg002394l(0, 206650) from /disks/node7_RAID6_120TB/home/yanyuji...

文章 HTML 转 PDF

...用 命令格式：wkhtmltopdf [GLOBAL OPTION]... [OBJECT]... <output file> 命令行工具自然是没有图形界面的。 光看上面的命令格式好像不太简单理解应该怎么用啊，别急，下面会有详细介绍的，不过为了满足部分急性子，我先给几个例子...

文章 串联重复基因 tandem和segmental的区别与联系

...体上，形成一个序列相似、功能相近的基因簇。According to the descriptions of Holub [1], a chromosomal region within 200 kb containing two or more genes is defined as a tandem duplication event. 3.染色体片段复制(Segmental duplication)：导致复制的基因距离较远...

文章 相关系数小结

...者并不需要线性相关这个条件。 Kendall Tau is a statistic used to measure the ordinal association between two measured quantities.直接看公式比较容易理解： /2}) 即有序对儿(nc)的数量减去无序对儿(n...

文章 如何从GWAS结果中获取表型解释率PVE——TASSEL、GEMMA篇

...c('chr','ps','p_score','pve')]  #输出结果文件    write.table(b, file=args$output, sep = '\t', row.names = F, quote 参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/448255236 https://zhuanlan.zhihu.com/p/449712020 https://www.sohu.com/a/378139452_278730 https://blog.csdn.net/wt141643/arti...

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...小编就开始搬砖了，教大家利用GDS数据对应的Data Analysis Tools完成数据的基本分析，简单几步轻松易学~ GEO DataSet背景介绍 GEO数据库主要接收基因表达数据。实验研究项目中一般包含多个样本基因表达数据，研究人员进行数据上...

文章 cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化

...系，GO term最终将被化成网络图的形式。找到 select ontology file的窗口，选择custom，然后导入。 参数设置 1.点击Paste Genes from Test，然后将待富集的基因的名称复制到内容框中（用空格或换行符分开）。这里使用拟南芥的10个基...

文章 非负矩阵分解（cNMF）

...这些可以以与count文件相同的格式加载。默认: None--genes-file [可选] - 用于分解步骤的过度分散基因列表。如果没有提供，将自动计算过度分散的基因，并且可以通过下面的 --numgenes 参数设置要使用的基因数量。默认: None 参数...

文章 最新研究：爱笑的人，论文质量一般不会太差......

...一个好头像？ 参考文献： Lukasz D. Kaczmarek,Maciej Behnke,Todd B. Kashdan,Aleksandra Kusiak,Katarzyna Marzec,Martyna Mistrzak,Magdalena Włodarczyk. Smile intensity in social networking profile photographs is related to greater scientific achievements[J]. The Journal of Positive Psych...