bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI
bioperl批量计算蛋白质分子量等电点pI
做基因家族分析，有时候我们想知道蛋白质的分子量和等电点信息还有基因的长度信息，这个时候我们一般会利用一个在线网站只要输入蛋白序列就可以：蛋白分子量分析：ExPASy (http://web.expasy.org/protparam/)来计算：
但是这个网站，只能一条一条的提交序列然后计算，如果后很多条序列要提交，其不支持批量提交，所有功能有限，这里我写了个perl脚本，利用bioperl包里面的方法，批量计算蛋白序列的长度，分子量，等电点信息，(有些值和上面网站的结果会有些许差异，可能计算的方法有些不同)如下：
die "perl $0 <in> <out>" unless(@ARGV==2);
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Bio::Tools::SeqStats;
use Bio::Tools::pICalculator;
use Data::Dumper;
#读入序列
my $in = Bio::SeqIO->new(
-file => "$ARGV[0]",
-format => 'Fasta'
);
open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";
print OUT "#ID\tlength\tMV(Da)\tpI\n";
my $calc = Bio::Tools::pICalculator->new(-places => 2,-pKset => 'EMBOSS');
#逐条读取序列
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );
my $weight = Bio::Tools::SeqStats ->get_mol_wt($seq);
$calc->seq($seq);
my $iep = $calc->iep;
print OUT sprintf("%s\t%s\t%s\t%s\n",
$seq->id,
$seq->length,
"$weight->[0]",
$iep);
}
$in->close();
close(OUT);
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- 发表于 2019-02-21 09:03
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- 分类：perl
