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文章 外显子测序发现遗传性NK/T细胞淋巴瘤癌与FAM160A1基因突变相关

...否影响氨基酸的改变，变异的有害成度注释如SIFT, PolyPhen and Grantham prediction scores, phyloP conservation scores等等，是否为稀有变异最小等位基因MAF<1%（NCBI clinvar 注释）等等注释。 候选致病基因筛选： 根据变异的有害程度，以及是...

文章 Nature：2019年度最佳科学图片top10，总有一张震撼到你！

...重逢 这是史上首次实现全女性太空行走，宇航员Christina Koch在联盟号宇宙飞船接近国际空间站时，NASA同事Jessica Meir拍下了这张照片。 7，脱壳 这是一张海龟胚胎的荧光透视图，要拍出这样的图片并不容易，科学家们将数百...

文章 linux下samtools安装指南

...ib目录，执行以下命令安装zlib ./configuremake make checkmake install 在make install这一步，由于要把zlib安装到/usr/local/lib 路径下，所以可能需要root 权限。安装成功后，可以在/usr/local/lib下找到 libz.a。zlib安装较为简单，通常可以顺利...

文章 MCScanX 在biolinux上安装及使用

...后生成文件如下： 其中at.collinearity 为共线性结果，at.tandem为串联重复基因结果，这两个文件最重要； 2.结合基因家族分析基因加倍与复制 上面做完全基因组共线性分析后，可根据自己的基因家族信息，绘制基因家族圈图...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了！

...学大讲堂为了方便各位生信学习爱好者方便快捷的使用linux系统，推出了不少关于docker的使用教程（包括推文和视频教程）。然而，由于大多数的个人电脑系统是win10家庭版系统，这就导致无法安装Docker Desktop版本，只能选择安装...

文章 CAR-T质量检测ELISA试剂盒常见问题解析

...细胞的杀伤活性和特异性。 酶联免疫吸附测定（enzyme-linked immuno sorbent assay, ELISA）的技术基础在于抗原、抗体之间的特异结合反应。义翘神州自主研发的高品质细胞因子ELISA试剂盒，可准确定量检测血清、血浆和细胞上清液中细...

文章 基因组组装GC 含量与深度图：

...##########################parser <- ArgumentParser(description='Seurat single cell DimPlot analysis :https://satijalab.org/seurat/reference/dimplot')parser$add_argument( "-i", "--gc.table", type="character",required=T, default=NULL,help="input single Seurat obj in rds file [required]",metavar="fi...

文章 叶绿体基因组四个区边界作图——irscope：本地化及使用教程（2023.02）

...获取工具 irscope是一个在线工具，网址为：https://irscope.shinyapps.io/irapp/ 但是在线工具很不稳定，会经常会出现进网站很慢，或者运行时总是出错的情况，比如这样 所以我们可以利用R语言将irscope本地化，生成本地网站，运行...

文章 Braker 有转录组数据预测基因 多样本转录组

...://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER#也就是GeneMakr, GenomeThreader, ProHint，我们还需要手动安装这些软件。但其中只有GeneMark是必须的，因为我们更多是利用RNA-seq数据进行模型训练，而GenomeThreader, ProHint是利用同源蛋白进行注释才用到，其中G...

文章 BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别？

...适，今天小编就给大家简述下两种主流算法—ED算法和SNP-index算法的原理和区别。 ED算法 ED是Euclidean distance（欧式距离）的缩写，需要注意的是计算ED只是该分析方法中的一个环节，但由于是比较有区分性的一环，所以国内公司...

文章 gff文件格式不标准的修改脚本

...本，使用方式为 python gff.py >new.gff 需要提前将with open('input.gff', 'r') as f: 中的inpu.gff 改成自己的该文件名字 import re# 读入文件with open('input.gff', 'r') as f:    lines = f.readlines()# 初始化基因IDgene_id = ''# 遍历每一行for ...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-非小細胞肺癌（NSCLC）(GSE127465)

...一列 zcat GSE127465_human_cell_metadata_54773x25.tsv.gz |awk -F '\t' 'BEGIN{OFS="\t"}{print $4$5,$0}' |gzip - >metadata.tsv.gz #解压包 tar xvf GSE127465_RAW.tar # 由于不同样本之间barcode ID可能重复，这里需要添加样本ID到barcode中 for id in `zcat metadata.tsv.gz |awk '...

文章 docker在windows系统和mac系统中安装

...载地址： https://www.docker.com/get-docker 点击 Download Desktop and Take a Tutorial，并下载 Windows 的版本： 根据不同的平台下载对应的版本： 下载stable版本： 3、运行安装文件 双击下载的 Docker for Windows Installer 安装文件，一路 Next...

文章 小麦MADS-box基因家族文章 new phytologist（7分）

...：MADS和K结构域所对应的pfam数据库中的号分别为：PF00319 and PF01486，作者利用pfam号在小麦基因组中查找MADS-box家族基因，一共鉴定出201个 M-I-K-C 家族成员。家族成员根据进化树分成15个亚类，同时也添加了水稻和拟南芥当中的MADS-b...

文章 去除fasta或fastq文件中ID重复的序列

..., -format => 'fastq'); my %id; while ( my $obj1=$fq1->next_seq() and my $obj2=$fq2->next_seq() ) {my ($id1,$id2)=($obj1->id,$obj2->id);if(exists $id{$id1}){next;}else{$id{$id1} = 1;} $out1->write_seq($obj1);$out2->write_seq($obj2);} }} 更多perl语言知识可学...