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文章 重测序群体遗传进化分析之—进化树构建

...\pop:/work omicsclass/pop-evol-gwas:v1.3#对vcf文件进行数据过滤vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout     --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000      \    --minQ 30 --minGQ 0 --min-alleles 2  --max-allel...

文章 安装R包的几种方法

...,repos = NULL,type = "source") 3.R包下载到本地后安装 download.file("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz","rvcheck_0.1.8.tar.gz") install.packages("rvcheck_0.1.8.tar.gz",repos = NULL) 4.命令行安装 在shell的终端sudo R CMD INSTALL packag...

文章 SNP 过滤标准保证数据质量及参考文献：

...： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035531112--How-to-Filter-variants-either-with-VQSR-or-by-hard-filtering SNP gatk VariantFiltration \ -V snps.vcf.gz \ -filter "QD < 2.0" --filter-name "QD2" \ -filter "QUAL < 30.0" --filter-name "QUAL30" \ -filter "SOR...

问题 R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

...HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") > > if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){ + install.packages("BiocManager") + }>...

文章 利用SNP构建指纹图谱！SNPT的使用教程！

...ec/cgi-bin/snpt这个软件可以做的分析： Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);Calculate allele frequencies;Find informative SNPs;Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);Find the set(s) of minimum SNPs;Output MST data file in mega and interleaved mega forma...

问题 perl双层哈希赋值

...qIO;use Bio::Seq;use Data::Dumper;#输入序列$in = Bio::SeqIO->new( -file   => "C:/Users/Administrator/cds.fa", -format => 'Fasta'); #读取IDmy $count=-1;my %ID;open IN, "C:/Users/Administrator/KAKS.txt" or die "$!";        #这个文件是blast输出并经过筛选的结果。 ...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

...量 gene <- read.table("gene_fpkm.txt",header =T,row.names=1,sep="\t", check.names = F) head(gene) 基因表达量数据格式如下： ID 0h 1h 2h 3h 4h ENSGALG00000000003 0.0000000 0.01421203 0.08885999 0.01337165 0.0000000 ENSGALG00000000011 11.3414235 8.40606978 9.13251124 8.91866821 9.575...

文章 STAMP使用（组间差异）

...2）样本信息表 2.步骤     （1）打开软件：点击左上角 file --> load data     （2）输入文件1，2     (3)点击OK得到如下结果，粉色标记下选择图片类型，黄色标记下可更改图片大小，标注等     （4）在左侧选择要比较的分...

问题 KNN补值函数knnImputation函数的距离计算问题

... if (length(tgt.nas) == 0) warning("No case has missing values. Stopping as there is nothing to do.") xcomplete <- dm[setdiff(distInit:N, nas), ] if (nrow(xcomplete) < k) stop("Not sufficient complete cases for computing neighbors.") for (i in tgt.nas) { ...

文章 TCGA数据发表5分文章

...:4.95)上的挖掘TCGA数据的文章“A 15-long non-coding RNA signature to improve prognosis prediction of cervical squamous cell carcinoma”。 研究思路 该文章的研究目的是找到宫颈鳞癌生存相关的biomarker，构建生存分析相关模型，为疾病的治疗和预后进...

文章 群体进化和GWAS文章没那么难发！

...析了三个性状的关联结果（100-seed weight、Plant height 、Days to 50% ­flowering）。 04 在讨论部分，作者对遗传多样性的分析结果和性状关联结果进行了多方面的讨论，也对接下来的研究进行了展望。最后也进行了总结性的概括。...

文章 ggplot2点图geom_point中aes(shape)映射

...定，点的shape 映射必须转化成因子，连续变量无法mapped to shape，譬如基于上一文章相同数据dat dat   X Y shape1  1 6     02  2 6     13  3 6     24  4 6     35  5 6     46  1 5     57  2 5     68  3 5   ...

文章 16S多样性分析docker镜像发布及使用

...kdir/5.pick_otu_qiime/pick_de_novo_otus/rep_set.tre --retain_intermediate_files --min_rare_depth 40 --max_rare_depth 2032 --num_steps 10#多样性指数差异比较qiime 自带检验与绘图compare_alpha_diversity.py \    -i alpha_div_collated/chao1.txt \    -o alpha_chao1_stats...

问题 蛋白三维结构预测遇到问题：当在swiss-model中选择使用模板的方法时，在上传模板的时候发现因为以下问题没法上传

...rd (e.g. miss-aligned columns). This prevents loading structures from this file

文章 KEGG 通路基因列表；

...自己制作最新的kEGG通路基因列表： hsa_kegg <- clusterProfiler::download_KEGG("hsa") names(hsa_kegg) head(hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME) head(hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTID) PATH2ID <- hsa_kegg$KEGGPATHID2EXTIDPATH2NAME <- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAMEPATH_ID_NAME <- merge(PATH2ID, PAT...