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文章 多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制 genedoc

...导入比对好的序列，注意对于fasta的比对结果，这里采用file->import的方式导入比对文件，如下所示： 导入之后，就可以得到文章开头的图片了：黑色表示100%显示,  4. 编辑美化结果： 圆圈1处，可显示和不显示相似按钮...

文章 perl程序文件中的第一行:#!/usr/bin/perl

...定的解释程序不存在，那么会报错“bad interpreter: No such file or directory”。注意：#!之后的解释程序，需要写其绝对路径（如：#!/bin/bash），它是不会自动到$PATH中寻找解释器的。 5. 当然，如果你使用”bash test.sh”这样的命令来执...

文章 基因家族的定义和形成方式（加倍与扩张）

...体上，形成一个序列相似、功能相近的基因簇。According to the descriptions of Holub [1], a chromosomal region within 200 kb containing two or more genes is defined as a tandem duplication event.3.染色体片段复制(Segmental duplication)：导致复制的基因距离较远，甚...

文章 看懂变异记录结果文件（VCF）

...版。The StrandOddsRatio annotation is one of several methods that aims to evaluate whether there is strand bias in the data. It is an updated form of the Fisher Strand Test that is better at taking into account large amounts of data in high coverage situations. It is used to determine if there is ...

文章 IF=8.86|肝癌免疫相关lncRNA预后标志物文献解读

...表在Molecular Therapy Nucleic Acids（IF: 8.86）Immune-Related lncRNA to Construct Novel Signature and Predict the Immune Landscape of Human Hepatocellular Carcinoma 背景介绍 1.尽管肝细胞癌 (HCC) 发生率与死亡率很高，其致病因素繁多，但HCC 的药物治疗也取得了...

文章 使用官方gdc-client软件下载TCGA数据

...ploration：在页面右边勾选自己想要的数据，然后点击 view Files in Repository，跳转到Repository页面进一步筛选. 2）Repository：在页面选项卡选择自己需要的数据，然后点击Manifest下载： 2、gdc-client软件安装和配置 1）下载软件地...

文章 生信挖掘GEO+TCGA 文献速览

...ed Gene Signatures and Molecular Mechanisms Between Systemic Lupus Erythematosus and Pulmonary Arterial Hypertension: Evidence From Transcriptome Data”，探索系统性红斑狼疮和肺动脉高压的共同基因特征和分子机制。系统性红斑狼疮 (SLE) 是一种自身免疫性疾病...

文章 Centos7下Rstudio-service配置教程

... vi /etc/rstudio/rserver.conf#设置内容如下：# Server Configuration Filersession-which-r=/share/work/biosoft/R/R-v4.0.3/bin/R rsession-ld-library-path=/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/lib64/:/usr/lib:/usr/lib64:/share/work/biosoft/bamtools/bamtools-v2.4.0/lib/:/share/work/biosoft/gcc/gcc-v6...

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...有柱状图数据放在Data Tables 下，打开新的Data Table方法为 "File" 下 "打开"  ->  "New Data table and..."。 2.数据填好后，双击"Layouts" 选择布局方式。 3.选中后界面中会出现四个方框，如下图所示： 我们可以直接将柱状图拖到对...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

... Liu J, Sui Y, Chen H, et al. Proteomic Analysis of Kiwifruit in Response to the Postharvest Pathogen, Botrytis cinerea[J]. Frontiers in Plant Science, 2018, 9: 158.

文章 R语言计算两组数据相关性及对应p值的方法——psych包和Hmisc包

...入两个文件，注意文件内容必须全为数值型，可用sapply(your_dataframe, class)来查看每一列的类型 可在读数据的时候使用row.names = 1等将其余信息变为行名列名。 gene <- read.table("1.txt",sep="\t",header=T,row.names = 1)meta <- read.table("2.txt",...

文章 如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧

...搜索文献是最简单也最常用的方法，比如搜索和"transcriptome"相关的文章，搜索结果是50437篇文章。如此多的文章，我们该如何找到我们想要的呢？ 即使我们按照年份进行筛选，比如只看2018年发表的文章，也有3032篇。 通常...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-结直肠癌 CRC(GSE178341)

...submit_metatables.csv.gz #合并metadata信息 Rscript $scripts/merge_tsv_files.r -i GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_metatables.csv.gz GSE178341_crc10x_full_c295v4_submit_cluster.csv.gz --sep "," -b cellID sampleID -p metadata #挑选肿瘤样本，你也可以不挑： zcat metadata.tsv.gz|awk...

文章 envfit()的线性拟合：非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）

...table.txt', row.names = 1, sep = '\t', stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE) #读取环境数据env <- read.delim('env_table.txt', row.names = 1, sep = '\t', stringsAsFactors = FALSE, check.names = FALSE)   主成分分析（PCA）中的方法 以此为...

文章 SNP2CAPS使用

...nfig::General;use Cwd qw(abs_path getcwd);use FindBin qw($Bin $Script);use File::Basename qw(basename dirname);use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;my $version = "1.3";## prepare parameters ######################################################################### ---------------------------------------------...