R语言分析GEO数据,您好老师,19年参加培训的时候就是用的R3.6.1,自己运行出现如下报错

> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n")
Error in getCdfInfo(object) : 
  Could not obtain CDF environment, problems encountered:
Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709
Library - package hursta2a520709cdf not installed
Bioconductor - hursta2a520709cdf not available
> options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
> > if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)){
+     install.packages("BiocManager")
+ }> BiocManager::install("hursta2a520709cdf") 
Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.1 (2019-07-05)
Installing package(s) 'hursta2a520709cdf'
Installation path not writeable, unable to update packages: boot, foreign, KernSmooth, lattice, Matrix, mgcv, nlme, nnet, survival
Old packages: 'BH', 'bibtex', 'BiocParallel', 'bit', 'blob', 'broom', 'callr', 'caret', 'caTools', 'checkmate', 'chron', 'cli',
  'clusterProfiler', 'data.table', 'DBI', 'DelayedArray', 'devtools', 'digest', 'doRNG', 'dplyr', 'DT', 'enrichplot', 'exactRankTests',
  'fansi', 'farver', 'foreach', 'GenomicFeatures', 'GetoptLong', 'ggpubr', 'ggraph', 'ggridges', 'gh', 'gplots', 'gridGraphics',
  'HDF5Array', 'Hmisc', 'hms', 'IRanges', 'jsonlite', 'knitr', 'latticeExtra', 'limma', 'MASS', 'mime', 'ModelMetrics', 'mvtnorm',
  'pillar', 'pkgmaker', 'plyr', 'prettyunits', 'processx', 'ps', 'R.methodsS3', 'R.utils', 'RcppArmadillo', 'RCurl', 'recipes',
  'remotes', 'Rhtslib', 'rlang', 'rngtools', 'robust', 'rrcov', 'Rsamtools', 'RSQLite', 'rstudioapi', 'S4Vectors', 'ShortRead',
  'SparseM', 'SQUAREM', 'stringi', 'SummarizedExperiment', 'tidyr', 'tidyselect', 'topGO', 'vctrs', 'xfun', 'XML', 'yaml', 'zoo'
Update all/some/none? [a/s/n]: n
Warning message:
package ‘hursta2a520709cdf’ is not available (for R version 3.6.1) 


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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

AffyBatch  这个变量前面步骤是否正确生成你需要检查一下;


你看一下 这个包的名字是不是 有错误,记得没有教安装这个包

BiocManager::install("hursta2a520709cdf") 

我看你的数据,应该是标准化之后的数据,你直接可以用来做差异分析,不必要用原始数据;你可以绘制box分布图确认一下;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM1536517

attachments-2020-02-UqP9E4hb5e578acedcc09.png

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baoerchina
Platforms (1)
GPL15048 Rosetta/Merck Human RSTA Custom Affymetrix 2.0 microarray [HuRSTA_2a520709.CDF]

黄老师,我找的这个GSE中的Platform中有[HuRSTA_2a520709.CDF]这个信息,不知道这是这类平台的特点吧?

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  • baoerchina 提出于 2020-02-27 09:25

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