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问题 重测序

我现在在做重测序数据比对和call SNP 分析，有个问题我想咨询一下：每个测序序列生成的g.vcf.gz的文件比较大，所用能一下子生成所有的g.vcf.gz文件，所以只能先生成一部分g.vcf.gz文件进行合并成vcf.gz文件，然后在生成另外一部分...

文章 44家机构联合破解巨型鱿鱼基因组！

...组，研究成果于今年年初发表在《Giga Science》上，算是一个好的开端。文章里有不少篇幅描述了基因组的组装、注释等常规内容，在此就不赘述了，有兴趣的同学可以根据文末的参考文献自行下载研究。小编重点和大家聊聊文章...

文章 BMC genomics|26个玉米基因组中萜烯合酶的多重变异模式

今天给大家分享一篇基于26个玉米泛基因数据进行的基因家族分析文章——“Multiple variation patterns of terpene synthases in 26 maize genomes”于今年发表在BMC genomics杂志上，影响因子为4.4，中科院分区为2区。 在玉米中，有一种重要的次...

文章 删除向量中指定的元素（借助向量中元素索引）

...一次出现的索引下标，用which()获得全部"a"的索引下标。 > A=c("a","c","e","b","d","a","b","d","f","e","g")> match("a",A)[1] 1> match(c("a"),A)[1] 1> which(A=="a")[1] 1 6 而删除的操作仅需要进行在向量中写入负的索引下标即可，如删除所...

文章 VG 泛基因组call 变异

#this script report the commands used to call variants from the 16 Illumina WGS barn swallow individuals.#for steps 1-3, this github solution was followed: https://github.com/vgteam/vg/issues/3411#for steps 4-9, the section "Calling the graph by first splitting into components" of this tutorial was ...

文章 TCGA数据挖掘生物信息文章（肺鳞癌）

...者从TCGA下载所有肺癌的RNA-Seq数据（截至2017.4.5），共502个肺鳞癌样本数据，其中原发性肺鳞癌样本数据450个。提取这450个样本的lncRNAs数据进行后续分析。 筛选显著变化的lncRNAs 筛选在不同样本中表达普遍有变化的lncRNAs 5664个...

文章 开年第一篇!2区基因家族分析文章赏析！苦荞MAPK家族分析-2022年2月3日，最新文献！

...Motif，绘图如下： 5. 苦荞FtMAPKs顺式作用元件分析为了更好地了解FtMAPK的功能和对应激反应基因表达的精确调控，我们对FtMAPK启动子区域的顺式作用元件进行了鉴定和分析。 6. 苦荞FtMAPKs蛋白3D结构作者分析了16个FtMAPKs蛋白的...

文章 R语言绘制多分组差异分析结果图

...FDR<0.001,"FDR<0.001","FDR&gt;=0.001") 5 ggplot2绘图 #获取每个火山图中前十个差异基因 TopGene <- data %&gt;% group_by(cluster) %&gt;% distinct(ID, .keep_all = T) %&gt;% top_n(10, abs(log2FC)) table(TopGene$cluster) #背景柱状图数据准备 dbar <- data %...

文章 Shell字符串截取（非常详细）

...串）开始截取。 从指定位置开始截取 这种方式需要两个参数：除了指定起始位置，还需要截取长度，才能最终确定要截取的字符串。既然需要指定起始位置，那么就涉及到计数方向的问题，到底是从字符串左边开始计数，还...

文章 maftools|突变数据可视化-瀑布图绘制及脚本使用

...变结果（MAF）的oncoplot（瀑布图）。瀑布图可直观展示多个维度的数据，对于组学突变分析结果的展示比较有优势，肿瘤相关的文章使用这种图也十分常见。 比如2021年发表在Mol Ther Nucleic Acids上的文章《m6A-related lncRNAs are potential...

文章 高质量黑麦基因组组装揭示重要农艺性状基因

...子光学图谱（Bionano）和高密度遗传图谱等技术构建了一个高质量的威宁黑麦基因组精细物理图谱。构建的威宁黑麦基因组大小为7.74 Gb，scaffold N50达到了1.04 Gb，并将93.67%的序列挂载到了7条染色体上，下图是使用crocs工具绘制的7...

问题 基因家族结构域及基因家族长度问题

...定基因家族成员时，如果此类基因家族的典型结构域有2个比如说A,B，我看文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B;或者含A;或者B就说明是属于这个基因家族的，但是鉴定的时候有时候会出现A，B，C这种情况应该怎么办...

文章 corr_network.r—ggraph包绘制展示相关性的网络图

使用方法: $Rscript scripts/corr_network.r -h usage: scripts/corr_network.r [-h] -g GENE_DATA -p P_DATA -r R_DATA [-P P_VALUE] [-R R_VALUE] [-H HEIGHT] [-W WIDTH] [-o OUTDIR] [-f PREFIX] Network diagram of correlation：https://www.omi...

文章 ANNOVAR人类各个数据库变异注释结果表格说明

...nc 列为 exonic 或 exonic;splicing 时，该列才有结果。按照每个转录本进行注释（例如，NADK:NM_001198995:exon10:c.1240_1241insAGG:p.G414delinsEG，其中，NADK 表示该变异所在的基因名称，NM_001198995 表示该变异所在的转录本 ID，exon10 表示该变异...

文章 R语言获取两个数组向量交集与并集

...可以用intersect 并集可以用union 譬如针对A,B两个向量： &gt; A=LETTERS[1:10]&gt; B=LETTERS[5:15]##交集 &gt; intersect(A,B)[1] "E" "F" "G" "H" "I" "J" ##并集 &gt; union(A,B) [1] "A" "B" "C" "D" "E" "F" "G" "H" "I" "J" "K" "L" "M" "N" "O" 这两个函...