开年第一篇!2区基因家族分析文章赏析!苦荞MAPK家族分析-2022年2月3日,最新文献!

快乐的时光总是短暂的,一眨眼年假就结束了,上班挣钱的日子又开始了!俗话说,虎年要想旺,抓紧发文章!今天小编带给大家一篇大年初三刚刚在2区期刊BMC Genomics上的苦荞MAPK基因家族分析文章...
快乐的时光总是短暂的,一眨眼年假就结束了,上班挣钱的日子又开始了!俗话说,虎年要想旺,抓紧发文章!今天小编带给大家一篇大年初三刚刚在2区期刊BMC Genomics上的苦荞MAPK基因家族分析文章,看一看新年是否有新内容!

文章简介

MAPK是信号可以将胞外信号跨膜传导到细胞核内部,然后进一步通过蛋白质的磷酸化和去磷酸化来实现对刺激反应的调节;在植物的发育、激素调节和非生物胁迫反应中发挥着重要作用。目前为止,在苦荞中尚未有关于丝裂原活化蛋白激酶(MAPKs)系统全面研究,故本文在全基因组层面对苦荞中MAPKs基因进行鉴定、系统发育、染色体定位、基因结构、蛋白质基序、顺式作用元件、进化、表达谱、蛋白质相互作用、相关性分析和功能验证等,为苦荞MAPK基因的功能和表达调控研究奠定了基础。

结果内容

1. 苦荞中MAPKs家族基因的鉴定
作者在苦荞基因组中共鉴定到16个MAPK基因,命名为FtMAPK1-FtMAPK16;详细列表及理化性质如下:

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2. 苦荞TtMAPK基因的系统发育分析
系统发育树包含16个苦荞的FtMAPKs,拟南芥的20个AtMAPKs,水稻的15个OsMAPKs,棉花的28个GrMAPKs;苦荞中FtMAPKs共划分为A、B、C、D4组,其中C组的FtMAPKs成员有明显的收缩,仅有FtMAPKs1,而D组却有明显的的扩张。

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3. 苦荞中FtMAPKs染色体定位
染色体作图分析显示,16个FtMAPK基因存在于除6号染色体外的所有染色体上。

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4. 苦荞FtMAPKs基因结构及Motif分析
分析了16个FtMAPKs的基因结构和Motif,绘图如下:

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5. 苦荞FtMAPKs顺式作用元件分析
为了更好地了解FtMAPK的功能和对应激反应基因表达的精确调控,我们对FtMAPK启动子区域的顺式作用元件进行了鉴定和分析。

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6. 苦荞FtMAPKs蛋白3D结构
作者分析了16个FtMAPKs蛋白的三级结构。

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7. 苦荞FtMAPK基因家族的基因复制和共线性分析首先作者分析了MAPKs在苦荞、拟南芥、棉花基因组内基因复制事件。

attachments-2022-02-CDRVheQq62023ad6c5bbc.jpg然后又比较了苦荞和拟南芥、葡萄、番茄、向日葵、大豆、甜菜等物种间共线性分析。

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8. FtMAPKs在苦荞不同组织中的表达分析
作者用QRT-PCR分析了16个FtMAPKs在苦荞根、茎、叶和花组织中表达特异性。

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9. 不同应激和激素处理下FtMAPK基因的表达分析前面顺式作用元件发现,大多数 FtMAPKs含有 MeJA 和 ABA 反应元件,于是作者ABCD4组中随机选择了一个FtMAPK基因 。并通过qRT-PCR测定了FtMAPKs 在激素处理(MeJA 和 ABA)下表达模式。

attachments-2022-02-CfkuKlII62023b2960357.jpg另外作者还分析了以上4个FtMAPKs在干旱和盐胁迫中的表达模式。
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10. FtMAPKs相互作用蛋白的预测及相关性分析为了分析与FtMAPKs相互作用的蛋白和调控关系,作者进行了FtMAPKs蛋白互作分析。

attachments-2022-02-osIY12gL62023b52ab537.jpg为了进一步研究FtMAPK s 是否参与干旱或盐胁迫,我们分析了FtMAPK s 与其他参与非生物胁迫反应的转录因子之间的相关性。

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11. FtMAPK1过表达对苦荞耐盐性的影响根据以上分析结果作者选择FtMAPK1作为研究苦荞耐盐性的候选基因,并在苦荞4周幼苗中过表达FtMAPK1,然后在盐胁迫下分析对苦荞抗氧化酶活性及其他与抗盐相关基因NAC、MYB基因表达的影响。

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总结

以上就是该篇基因家族分析的全部结果内容,洋洋洒洒内容确实不少,但是归纳起来,内容主体依然是基因家族分析常见内容套路,可取的是作者进一步对顺式作用元件分析进行了qRT-PCR验证(见结果9),以及对候选的家族成员基因过表达功能验证(见结果11),对于大家也是思路的借鉴。由于篇幅所限,更多详细内容请参见下方原文链接。

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  • 发表于 2022-02-08 17:51
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  • 分类:文献解读

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红橙子
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