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问题 docker安装出错了

Docker.Core.DockerException:Failed to start   在 Docker.Engines.LinuxkitDaemonStartup.<WaitAsync>d__5.MoveNext() 位置 C:\workspaces\main-merge\src\github.com\docker\pinata\win\src\Docker.Engines\LinuxkitDaemonStartup.cs:行号 54--- 引发异常的上一位置中堆栈跟踪的末...

问题 做有参转录组分析，在进行基因表达定量的时候，其中一个转录组出现如下错误，看不太懂，想请教一下老师问题如何解决

...irs processed.Error occured when processing SAM input (record #42564640 in file /bioData/run_data/lixp/work/SZ_yangtao1/2.alignment/hisat2/yangtaozhitiao1.bam):  Maximum alignment buffer size exceeded while pairing SAM alignments.  [Exception type: ValueError, raised in __init__.py:671]

问题 genome-annotation的docker转singularity的容器后，rmblast使用报错。

...asker/RepeatMasker-4.1.4/Libraries/test/RepeatPeps.libKeep MBits: TMaximum file size: 1000000000Bsh: line 1: 14163 Bus error               (core dumped) /share/work/biosoft/rmblast/latest/bin/makeblastdb -dbtype nucl -in /share/work/biosoft/RepeatMasker/RepeatMasker-4.1.5/Libraries/tes...

问题 基因组比对

...ilies shared between ash and 10 other species (Supplementary Table 10). In total, 279,603 proteins (77.14% of the input sequences) clustered into 27,222 groups, of which 4,292 contained sequences from all species, 3,266 were angiosperm-specific and 462 Eudicot-specific. Patterns of gene-family shari...

文章 MCScanX 在biolinux上安装及使用

...完成之后，就可以解压安装了： unzip MCScanX.zipcd MCScanX make 因为/biosoft 为root的目录，所以遇到权限问题时在命令前面加sudo 之后再运行就没问题了； 如果安装过程中报错，可参照：https://www.omicsclass.com/article/104 二、基因家族...

文章 全基因组加倍/复制介绍（whole genome duplication, WGD）

...一串红（Salvia splendens）基因组文章中，选取了柚木（Tectona grandis ）、葡萄（grape）来做ks分析。结果如下图，从Ks峰图和进化树可以看出：（1）葡萄和一串红在Ks值约 1.6 处核心双子叶植物共有的全基因组三倍化事件；（2）柚木...

文章 FigTree进化树批量修改ID

...要一个表头），文件为TAB分隔文本文件，如下： 3、通过File导入 import Annotations 4、完成导入后，在左侧 Tip Labels栏中将怎加一列信息，例如此处的NewName（即前期文件中对应新ID列的内容） 5、将Tip Labels 显示（Display)选择成你设...

文章 小白也能画漂亮的热图--赐你一个非编程热图工具

...存成Tab键分隔的文本格式进行使用哦！ 数据载入通过File，点击Load Data开始（如下图A），跳转到数据导入窗口，选择准备的txt文件，进行导入（如下图B），同时设置图片颜色变化、是否进行注释以及绘图数据区域。 数据...

文章 eclipse下搭建shell脚本编辑器--安装开发shell的eclipse插件shelled

... 2、安装“shelled”插件 在http://sourceforge.net/projects/shelled/files/latest/download下载ShellEd的zip包 以archive，即zip包的方式设置数据源： 在shell文件上点右键->open with->选择shell script Editor，发现打开的SHELL的文件已经语法高亮： 有...

文章 docker clash 配置

...ker service:$ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d Create a file named /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf that adds the HTTP_PROXY environment variable: [Service] Environment="HTTP_PROXY=http://127.0.0.1:7890" Environment="HTTPS_PROXY=http://127.0.0.1:7890" F...

文章 TCGA和GEO套路文章解说

...目：Expression profiles analysis identifies anovel three-mRNA signature to predict overall survival in oral squamous cellcarcinoma期刊：Am J Cancer Res分数：3.2疾病：口腔鳞细胞癌（OSCC） 文章思路： 利用GSE13601,GSE30784, GSE37991三个mRNA芯片表达数据以及TCGA中OS...

文章 18年上半年，利用GEO/TCGA数据库发表文章超过1000+

...CI论文：如： 1：An integrated lncRNA, microRNA and mRNA signature to improve prognosis prediction of colorectal cancer ，该文采用TCGA数据库中结直肠癌及癌旁组织的mRNA，lncRNA,miRNA进行差异表达，获得显著变化的分子，用于构建生存分析模型，获得...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 进行转录本的合并

...N] [--allow_5merge] config_file {norm_fl,norm_nfl,norm_nfl_amb,count_fl,count_nfl,count_nfl_amb} 输入文件需要一个配置文件即可。 1. 制备配置文件 该脚本的运行需要配置文件,配置文件的格式...

文章 immunedeconv 包安装错误： download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed

...Downloading GitHub repo icbi-lab/immunedeconv@HEADError in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,  :  download from 'https://api.github.com/repos/icbi-lab/immunedeconv/tarball/HEAD' failed 可以用Rstudio安装包： 以管理员身份打开Rstudio：   然...

文章 Linux 服务器 安装Jupyter notebook 并开启远程访问

一. centos下安装jupyter notebook1. 使用Anaconda安装conda install jupyter notebook 2. 使用pip安装pip install jupyter notebook 二. Jupyter notebook 配置1. 生成配置文件jupyter notebook --generate-config 2. 创建密码使用python中的passwd()创建密码，终端输入ipython...