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问题 在基因家族分析的时候对GFF文件中mRNA与gene ID对应关系的脚本进行运行时出现如下无效的问题,请问怎么解决

运行命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 BrapamRNA2geneID.txt perl script/geneid2mRNAid.pl data/Brapa_genome_v3.0_genes.gff3 Brapageneid2mRNAid.txt; 该两条脚本在对其它基因组进行运行时没有问题 但是在运行该GFF文件时出现了如下...

文章 perl数学函数

...围在-PI~PI。 应用例: 角度转化成弧度子程序。subdegrees_to_radians{ local($degrees)=@_; local($radians);11: $radians=atan2(1,1)*$degrees/45; } Perl数学函数名 sqrt 调用语法retval=sqrt(value); 解说平方根函数。value为非负数。 Perl数学函数名 exp ...

文章 单细胞RNA速率(RNA velocity)分析结果解读

... (using steady-state residuals) 稳态/确定性模型(使用稳态残差)stochastic model (using second-order moments) 随机模型(使用二阶矩)dynamical model (using a likelihood-based framework) 动态模型(使用基于可能性的框架) Velocyto 中使用的 steady-state / deterministic m...

文章 R语言-Cox比例风险模型

...rd 在癌症研究中: hazard ratio > 1 is called bad prognostic factorhazard ratio < 1 is called good prognostic factor z(-3.176)值代表Wald统计量,其值等于回归系数coef除以其标准误se(coef),即z = coef/se(coef);有统计量必有其对应的假设检验的显著性...

问题 根据课程基因组重测序的脚本,进行片段inner size,片段选择是否异常和测序深度与覆盖度统计均未能生成pdf文件,直接弹出如下对话框和如下命令

 Exception in thread "main" java.awt.AWTError: Can't connect to X11 window server using 'localhost:12.0' as the value of the DISPLAY variable.

文章 R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

...设置了x轴刻度标签倾斜; library(reshape2) local({r <- getOption("repos") ;r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ;options(repos=r)}) library(ggplot2) library(cowplot) library(RColorBrewer) pairjoin <- function(x){   ran=paste(head(x,-1), tail(x,-1),...

文章 NCBI 数据下载

...先在NCBI下载所有run的信息 执行命令: prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt ③ 格式转换:sra变成fq # 双端测序:fastq-dump --split-3 sra文件# 单端测序:fastq-dump  sra文件 更快的转换方式: fasterq-dump --split-3 sra文件 (2) Aspera 直...

问题 RNAseq有参转录组数据自主分析课程,在建立基因组索引的时候出现如下问题

...9.chromosome.22.gtf -p gene_length Traceback (most recent call last):   File "/home/zpp/work/my_rnaseq/scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 49, in <module>     if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]: KeyError: 'gene_id'

文章 PASA 记录

....validations.output这个文件 sh: alignment.validations.output: No such file or directoryError, cmd: update_alignment_status.dbi -M 'pasa.sqlite'  < alignment.validations.output  > pasa_run.log.dir/alignment.validation_loading.output died with ret 256 No such file or directory at PASAp...

问题 基因家族分析,提取一个物种信息后,再次取提取另一物种cds 用基因的ID,作为序列的ID,总是无法运行,显示脚本不存在,但是LL查看脚本是存在的。

Can't open per1 script ''/work/gene_family/scripts//get_gene_longest_fa.p1'':No such file or directory

文章 碰到奇葩审稿人怎么办?这位作者靠怒怼审稿人登上SCI期刊!

... 但是表面上还是要优雅地回一句: Thank you very much for your helpful comments and giving us the opportunity for further revisions. 毕竟干咱们这一行的,多少都得有点口是心非的技能不是。 生物女学霸,一个自称学霸其实很渣的生物汪,努...

问题 docker安装后,windows与虚拟机之间的数据如何挂载?

...rk -it omicsclass/gene-family:v1.0”,结果显示如下: “Unable to find image ‘omicsclass/gene-family:v1.0’ locally”,然后就又开始pull基因家族的学习资料。 我只好终止它。卡在这里,很困惑,明明已经下载过基因家族的资料。 于是,查了...

问题 关于TCGA的下载,学了课程还是遇到点问题,求老师指点

...写,请老师看看是这样么? GDCdownload(query = sample_download,files.per.chunk=6, method='client') data <- GDCprepare(query=sample_download) data_expr <- assay(data)    因为我最终需要的是结直肠癌腺癌基因表达数据。我也想过先结肠癌、直肠癌一...

文章 merge_metadata_genexpdata.r 在metadata中添加基因表达数据

...ata, --metadata metadata                        input metadata file path with suvival time [required]  -g expset, --expset expset                        input gene expression set file [required]  -b by, --by by        input sample ID column name in metadata [required] ...

文章 微生物多样性16S计算物种累计曲线

... sep = "\t",row.names=1) all <- specaccum(otu, method = "random") png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300) plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", ylab = "Number of species")...