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文章 性价比超高5个重测序发IF=6遗传进化文章

...通过ABC贝叶斯模型结合SNP数据推断出：分离时间在14,800 to 260,000年，同时在这一时期出现bottleneck；有效群体大小分析高海拔种群体大小小于低海拔群体，与分离时bottleneck相关； 选择消除分析 通过高低海拔样品的对比进行...

文章 敏捷实践经验分享，企业如何在敏捷开发中实施DoD

...的缺陷和问题。 1.  下班前必须检入当天编写的代码，check in的backlog要填写清晰 2.  当天的代码必须在当天或者第2天邀请同伴进行代码评审 3.  检入的功能代码必须要有对应的单元测试（严格采用TDD） 4.  每天晚上触发静...

文章 R语言包安装方法，设置国内镜像加快安装速度

...主要来自两个地方：1. 官方网站的资源库CRAN  2 . bioconductor上的包不同来源的R包安装方法不同，见下面：CRAN上的R包安装方法： R 在线安装包，设置全局镜像（选择中国的镜像），加快安装进度；  推荐以下方法 #设置镜像，这...

文章 R 包 osqp安装报错

...S-NOTFOUND" -- Generating done CMake Generate step failed.  Build files cannot be regenerated correctly. ERROR: configuration failed for package ‘osqp’ 解决版本，降低版本： wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/osqp/osqp_0.6.0.7.tar.gzR CMD INSTALL osqp...

文章 NCBI高通量测序数据SRA数据库下载新方法

... while read line> do> echo $line> /home/wuzengding/biosoftware/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.8.2 ${line}> done   注：另外一种更简单方法 在找到这个界面时 点击send to  最后得到SraRunInfo.csv文件，文件内容是各个samp sequence的列...

问题 xpclr 软件不能运行

...p --maxsnps 200 --minsnps 5donemkdir: cannot create directory ‘xpclr’: File exists-bash: xpclr: command not found-bash: xpclr: command not found-bash: xpclr: command not found-bash: xpclr: command not found-bash: xpclr: command not found-bash: xpclr: command not found-bash: xpclr: command not fo...

文章 rgb函数选择颜色（并控制深浅）

...alpha, names = NULL, maxColorValue = 1) red, blue, green, alphanumeric vectors with values in [0, M] where M is maxColorValue. When this is255, the red, blue, green, and alpha values are coerced to integers in0:255 and the result is computed most efficiently.namescharacter vector. The na...

文章 外源插入位置查找好方法

... Esher SK, Granek JA, Alspaugh JA. Rapid mapping of insertional mutations to probe cell wall regulation in Cryptococcus neoformans. Fungal genetics and biology : FG & B. 2015;82:9-21. doi:10.1016/j.fgb.2015.06.003.

文章 awk正则表达式使用外部变量

...号，再加单引号即可,如： for i in read write print; do cat file.txt | awk '{ if ($7~/'"$i"'/) {print $0} }'| wc -l ; done 在写shell脚本时，经常会使用到awk程序。但是有些复杂的逻辑，可能需要在awk中使用在shell中定义的变量，而且awk程序处...

文章 NCBI 中搜索某类基因蛋白序列技巧

...filter] 筛选到可靠的结果之后，我们就可以，点击send to 把想要的基因的蛋白序列批量下载下来，同样的方法我们可以再搜索一下水稻的， 更多生物信息课程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4...

文章 corrplot包绘制相关性图，简单又好看！

...deg") #读入数据 data<-read.table("fpkm.xls", header=TRUE,sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1) head(data) 基因表达量数据格式如下： ID A1-1 A1-2 A1-3 B1-1 B1-2 B1-3 A2-1 A2-2 A2-3 B2-1 B2-2 B2-3 FtPinG0000001800.01 15.1995160901025 ...

问题 我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

...$tmpdir  -R $REF --batch-size 5 \ --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-import-in-parallel 5 \ --genomicsdb-workspace-path db --sample-name-map cohort.sample_map

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解！

...mapping，如下图，查询蛋白列表可直接粘贴在下图1. Provide your identifiers文本框中，也可以将蛋白ID单列粘贴于TXT文本中提交到网站。另外该页面2. Select options 还可提供ID转换功能，支持多种数据库间的ID转换。 提交好蛋白列表后...

问题 用TBtools绘制两个物种的进化树+motif+基因结构三连图时报错问题

...========= IDs that you used as input do       NOT present in gff/gtf file.      Examples of valid IDs is showed as bellowedGuess FileType is:GTFtranscript:AT1G03987.1transcript:AT1G01020.6transcript:AT1G01010.1transcript:AT1G01020.3transcript:AT1G01020.2transcript:AT1G01020.5transcript:AT1...

文章 影响GWAS关联分析好坏的因素

...on in Biotechnology, 2006, 17(2):155–160. 5.Mcmullen M D, Stephen K, Hector Sanchez V, et al. Genetic Properties of the Maize Nested Association Mapping Population[J]. Science, 2009, 325(5941):737-. 6.Buckler E S, Holland J B, Bradbury P J, et al. The genetic architecture of maize flowering time...