问题 泛基因组组装

...。使用metagenome-like方法组装出来然后清除污染序列体积为2.8GB。使用unmap组装出来为4.1GB，有2,622,232个contig，但是使用cd-hit-est进行去除重复contig是一直卡住。使用iteratively assembly方法进行组装时merged.fasta组装到700MB时也卡住了。请...

问题 泛基因组组装

...。使用metagenome-like方法组装出来然后清除污染序列体积为2.8GB。使用unmap组装出来为4.1GB，有2,622,232个contig，但是使用cd-hit-est进行去除重复contig是一直卡住。使用iteratively assembly方法进行组装时merged.fasta组装到700MB时也卡住了。请...

文章 使用NCBI——Batch Entrez批量下载蛋白序列

...击Retrieve records for XX UID(s)，进入搜索结果页面，点击send to，选择输出为fasta格式文件，下载： 这样我们就获得了想要下载的全部蛋白序列：

问题 用hisat2软件建立index为什么要先制作splicesites.tsv和exons.tsv文件

老师给的命令 hisat2_extract_splice_sites.py chr22_with_ERCC92.gtf > splicesites.tsvhisat2_extract_exons.py chr22_with_ERCC92.gtf > exons.tsvhisat2-build -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv chr22_with_ERCC92.fa chr22_with_ERCC92 请问这样比直接 hisat2-build好在什么...

文章 sort -V | 对字符和数值组合的排序

...的效果。 1. 例如，对某个文件列进行排序： #cat 1.txt1121232343556781011 #sort 1.txt1101112123233455678 直接使用sort命令，会按照(第一列第一个字符)的顺序进行排列。对第一个字符相同的行，按照第二个字符进行排序，直到得到最终的...

问题 老师 请问以下就是circos图中，染色体怎么设置才能使按照1到13这种顺序排列，还有就是圈图中，染色体间的共线性线条怎么才能换成几种颜色，并不是单一的颜色。图1那种结果，而不是图2的那种结果。

文章 fastq文件查看指定序列

...候我们可以用到下面的命令来查看。 zcat /share/nas1/DATA/zx-20180122-15/XM8_H33TNDMXX_L1_2.clean.fq.gz |grep -E "A00164:71:H33TNDMXX:2:2438:30400:20353" -C 4 >xm8-2.txt & 其中zcat可以查看fastq压缩文件，grep 匹配序列ID，参数 -C 4 可以输出匹配行的前后...

文章 cox模型评估-决策曲线分析（DCA）

....2. Vickers AJ, van Calster B, Steyerberg EW. A simple, step-by-step guide to interpreting decision curve analysis. Diagn Progn Res.2019;3:18. Published 2019 Oct 4.3. Van Calster B, Wynants L, Verbeek JFM, et al. Reporting and Interpreting Decision Curve Analysis: A Guide for Investigators.Eur Urol....

问题 mucle报错sh: line 1: 238070 Segmentation fault

...步骤导致-output 9238.pep_aln是空的，所以后面会ERROR: number of input seqs differ (aa: 0;  nuc: 10)!!

问题 mRNA2geneID.txt文件不能正常获得

我的gff文件P.equestis.gene.gff 如下： 用命令perl script/mRNAid_to_geneid.pl P.equestis.gene.gff mRNA2geneID.txt生成mRNA2geneID文件时出错，文件如下： 只有mRNA ID，没有gene ID，请问是怎么回事？是不是要对gff文件修改，怎么修改？

问题 泛基因家族分析家族成员存在缺失分析，获取PAV_gene.list和Fam_gene.list

...perl /work/scripts/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes2.list -spid new_id2.txt -unigenel  foxtail_millet.GRASgene.uniq2.list -fam GRAS 下面是我的foxtail_millet.GRASgene.pan-genes2.list 这是foxtail_millet.GRASgene.uniq2.list 这是new_id2.txt 老师我现在的问...

问题 计算直系同源基因的KAKS时，发现KS>1，是不是哪里算错了？用KAKS-Calculate2.0算的，为什么KS大于1呢，然后黄老师给的关于介绍KSKS的文章链接上面并没有解决这个问题

黄老师给的这个链接：计算Kaks你可以了解一下kaks ：https://www.omicsclass.com/article/699 并没有解决问题

文章 svg2xxx运行报错

/share/work/biosoft/tools/distributing_svg_4.74/svg2xxx_release/svg2xxx all.KEGG.svg ./ -dpi 300 Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationException: The Security Manager is deprecated and will be removed in a future release at java.base/java.lang.System.setSecurityManager(Sys...

问题 老师请问gff文件提前mRNA的id不是数字，是字母，是不是脚本需要换？

这个和拟南芥的GFF3文件的东西不一样，是不是不能用mRNAid_to_geneid.pl这个脚本了。。

文章 NCBI基因组数据格式修改

...因ID 加 ".1"，如果有多个转录本，第二个转录本改为加 ".2"，以此类推；CDS ID改为转录本ID。 脚本帮助     Usage    Forced parameter:        -gff        genoma gff file           <infile>      must be given    ...