泛基因家族分析家族成员存在缺失分析，获取PAV_gene.list和Fam_gene.list
老师，我正在做泛基因家族分析家族成员存在缺失分析中，#使用脚本得到存在缺失基因列表和绘图列表——"PAV_gene.list"、"PAV_draw.list" ;以及基因家族编号对应的基因编号的从属列表——"Fam_gene.list"这一步，使用指令perl /work/scripts/PAV_list.pl -pangenel foxtail_millet.GRASgene.pan-genes2.list -spid new_id2.txt -unigenel foxtail_millet.GRASgene.uniq2.list -fam GRAS
下面是我的foxtail_millet.GRASgene.pan-genes2.list
这是foxtail_millet.GRASgene.uniq2.list
这是new_id2.txt
老师我现在的问题是，在foxtail_millet.GRASgene.pan-genes2.list中我的参考基因组Yugu1_T2T.genome基因是有对应的同源基因的，但在得到的PAV_gene.list及Fam_gene.list文件中所有的Yugu1_T2T.genome都没有同源，可能得原因是用到的唯一脚本PAV_list.pl中，类似if($unsort=~/_$id/){ 与Yugu1_T2T.genome_Seita.9G455500格式不一致。
下面是这两个结果文件
