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问题 samtools sort 时候报错

您好，我是用bwa 比对二代双端测序数据到draft genome.fa，得到的sam文件用samtools sort的时候报错，fail to read the header from "assembly_illumina.sam" 不知道是什么原因？SAM文件这样的，谢谢！

文章 deepseek绘图之--FPKM小提琴图

在基因表达分析中，FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads） 是常用的基因表达定量指标。为了直观展示不同样本中基因的表达分布，小提琴图（Violin Plot）因其能同时显示数据分布和密度，成为科研绘图的热门选...

文章 根据fastq ID列表，输出指定ID对应的双端或单端fastq文件

...ped fastq file.')    parser.add_argument('input_fastq_gz', help='Path to the input fastq.gz file')    parser.add_argument('output_file', help='Path to the output file containing gene names')    args = parser.parse_args()    extract_gene_names(args.input_fastq_gz, args.output_file)if __name__...

问题 circos 字体大小与比例问题

...     stroke_thickness=2p     thickness=0.03r </ideogram> karyotype=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/chr.info.txt <links>     bezier_radius=0r     bezier_radius_purity=0.75     color=black     crest=0.5     <l...

问题 bioconductor source代码报错

...or in file(filename, "r", encoding = encoding) :   cannot open the connectionIn addition: Warning message:In file(filename, "r", encoding = encoding) :  InternetOpenUrl failed: '操作超时'。请问怎么解决？ 

问题 RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？

...genome.fasta Toona_sinensis.gene.gff 报错信息如下：get gene length and gene.bed from gtf: RUN CMD: python /work/TS/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g Toona_sinensis.gene.gtf -p gene_length Traceback (most recent call last):   File "/work/TS/scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line ...

文章 TukeyHSD报错

Error in TukeyHSD.aov(., ...) : no factors in the fitted model Calls: %>% ... is.data.frame -> <Anonymous> -> TukeyHSD -> TukeyHSD.aov In addition: Warning message: In replications(paste("~", xx), data = mf) : non-factors ignored: group1 Execution halted 数据框组代表...

问题 重测序遗传变异过滤

...师请教下，在对群体的变异进行过滤的时候，为什么min and max-alleles都是2，在群体中，一个位点的变异很可能大于2呀，这样的设置不会导致过滤掉丰富变异的位点吗？vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0...

问题 genome-annotation缺失tantan

在用omicsclass/genome-annotation镜像进行注释时报错，代码如下“funannotate mask -i pilon_polished2.fasta -o tz-mask.fasta”，提交后显示“Missing Dependencies: tantan.  Please install missing dependencies and re-run script”。请问老师如何解决依赖项缺失问题

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

...y(All_DEG_venn,2,na.omit)datav<-Venn(All_DEG_venn)plot(datav,doWeight=F,type="ellipses")

问题 biolinux报错，不能打开一个新任务

The virtual machine 'Bio-Linux-8.0.7' has terminated unexpectedly during startup with exit code 1 (0x1). More details may be available in 'D:\VirtualBox VMs\Bio-Linux-8.0.7\Logs\VBoxHardening.log'.

文章 GWAS模型描述方法

... naive: y= x + e, fixed: y = x + q + e, kinship: y=x+z+e (Pariseaux and Bernardo, 2004), QK: y = x + q + z + e (Yu et al., 2006), eigenstrat: y = x + q + e (Price et al., 2006; Malosetti et al., 2007).   参考： https://mran.microsoft.com/snapshot/2018-04-07/web/packages/lmem.g...

文章 HPA：人类蛋白图谱数据库

...器官中的表达情况      以PAX8为例 2.    SINGLE CELL TYPE ATLAS     单细胞类型图谱包含13种不同人体组织的单细胞RNA测序（scRNAseq）数据，以及内部生成的免疫组织化学染色组织切片，显示相应的空间蛋白表达模式。     以...

问题 微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分，进行代谢通路差异比较可视化

... q2-ggpicrust2_output \     --top 20 --p_values_threshold 1 \     -t type  -a  A -b B  -p pathway_group_q2

问题 运行DESeq2出错

各位老师，可以帮我看一下吗 Error in h(simpleError(msg, call)) :   error in evaluating the argument 'x' in selecting a method for function 'rowSums': could not find function "cpm"Calls: std_two_condition_comp_deseq2 -> new_DGE_list -> rowSums -> .handleSimpleError -> h