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问题 老师，这个警告问题大不大

...econdary GFM file: Amphitetranychus_viennensis.genome.2.ht2Re-opening _in1 and _in2 as input streamsReturning from GFM constructorWarning: a local graph exploded (offset: 1239040, length: 57344)Warning: a local graph exploded (offset: 68216166, length: 57344)Returning from initFromVector

问题 GEO2R三组之间怎么比较呢?

请教老师，看了一些GEO2R的教学视频，都是分两组进行比较（normal and tumor），想问下三组之间怎么比较呢? 正常对照组、疾病组、治疗组，然后想看看药物对疾病的靶点

问题 转录组富集到的通路，在代谢组没有富集到

我是想重点关注糖代谢的，转录组数据显示starch and source显著富集，但在做转录代谢联合分析时，发现与糖代谢有关的kegg通路代谢物有变化的只有一个，请问这该怎么办

问题 用gffread将gtf转化为fasta报错

命令行： gffread -w classcode.fa -g Genome.fa classcode.gtf 报错：Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length! 输入的参考基因组：

文章 EggNOG基因序列批量注释

EggNOG (Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups)是基于直系同源蛋白进行分组比对的一个公共资源数据库，由EMBL维护，提供了不同分类水平蛋白的直系同源分组（Orthologous Groups ，OG），包括真核物种、原核物种及病毒...

问题 参考基因组建立索引报错，这是什么原因？

...-Line-Syntax-Transition-For-Users-(Pre-Transition) ********** ********** The command line looks like this in the new syntax: ********** **********    CreateSequenceDictionary -R Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa -O Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.dict ********** 16:52:08.028 INF...

文章 LASSO 回归分析原理与R语言实现

 Lasso(Least absolute shrinkage and selection operator)一种数据挖掘方法，可以在模型参数估计的同时实现变量（因素）的选择，较好的解决回归分析中的多重共线性问题，并且能够很好的解释结果。 一、LASSO简要介绍        随着科...

文章 从原始测序数据开始分析单细胞数据

...       --log2stderr > whitelist.txt; # ## Step 3: Extract barcdoes and UMIs and add to read names #umi_tools extract --bc-pattern="(?P<discard_1>CTCTTTCCCT)(?P<cell_1>.{10})(?P<discard_2>ACGACGCTCTTCGAGTGATTGCTTGTGACGCCTT)(?P<cell_2>.{8})(?P<umi_1>.{12})T{4}.*"...

文章 Python学习-利用Python对植物基因组注释文件（gff3格式）进行处理

...])+'\n') input_file.close() # make by ligaojie from North China University of Technology（华北理工大学生命科学学院生物信息学）

问题 SSR查找及引物设计

...计时出现的问题：unescaped left brace in regex is deprecated here(and will be fatal in Perl 5.30),passed through in regex;marked by <-- HERE in m/([ACGT]{2})\1{ <-- HERE 0.5}/ at ../primer_design/my_misa.pl.txt line 126,<IN> chunk2.是怎么回事？需要怎么解决？

文章 UpSetR包绘制多维的venn图

...ist('A','B','C'), color = "orange", active = T))) ### sort by frequency of intersection upset(fromList(dataForUpSetPlot), nsets=length(dataForUpSetPlot), nintersects = 1000, sets = c("A", "B", "C", 'D'), #keep.order = TRUE, point.size = 3, line.size = 1, ...

文章 GOrilla-一个在线GO富集分析的网站

...以Gene Symbol表示，两两之间Enter分隔，此外还可以接受gene and protein RefSeq, Uniprot, Unigene and Ensembl等表示方式。注意：可以通过提交文件非方式进行，文件格式的要求一致。如果提交背景基因集，按照相同方式处理。 4、选择富集...

问题 Circos画图时，想把连接的线换成不同的颜色，配置文件怎么改，基因ID的颜色怎么改？

...r=dgrey    stroke_thickness=2p    thickness=0.03r</ideogram>karyotype=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/chr.info.txt<links>    bezier_radius=0r    bezier_radius_purity=0.75    color=black    crest=0.5    <link>   ...

文章 ggtern 安装报错

** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading Error in get(x, envir = ns, inherits = FALSE) :    object 'message_wrap' not found Error: unable to load R code in package ‘ggtern’ Execution halted ERROR: lazy loading failed for package ‘ggtern’ * removing ‘/share/bios...

问题 使用悟空云平台进行代谢组数据矫正时报错

其余五种归一化方式均正常，只有QC-RLSC报错显示error in evaluating the argument X in selecting a method for function "t: NA NaNI nf in foreign function call (arg 5)