微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分,进行代谢通路差异比较可视化

微生物16S分析物种功能预测PICRUSt2部分,进行代谢通路差异比较可视化时,如果是三组之间比较分析,这个代码应该怎么修改,谢谢老师!Rscript $scriptdir/ggpicrust2.r --daa_method $m  \

    --pathway_table q2-picrust2_output/pathway_abundance.qza \

    -m $metadata -o q2-ggpicrust2_output \

    --top 20 --p_values_threshold 1 \

    -t type  -a  A -b B  -p pathway_group_q2


请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

不支持三组之间比较,只支持两组之间比较;

如果要三组以上比较建议用lefse分析;

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,156 浏览
  •  提出于 2024-02-07 00:23