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文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

...腺癌 TCGA-ESCA Esophageal carcinoma  食道癌 TCGA-GBM Glioblastoma multiforme 胶质母细胞瘤 TCGA-HNSC Head and Neck squamous cell carcinoma 头颈部鳞状细胞癌 TCGA-KICH Kidney Chromophobe 肾染色体 TCGA-KIRC Kidney renal clear cell carcinoma 肾脏肾透...

问题 在进行二代测序数据的nt比对时出现了以下报错请问应该怎么解决

Warning: [blastn] Examining 5 or more matches is recommended BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/home/yuanqing/shili/dir/nt] in search path [/home/yuanqing/shili/jia::]

问题 conet构建网络图参数设置

...lt;0.01) detected with both methods (Pearson and Spearman) were included into network analyses to minimize false-positive correlations. ”结果部分提高“A Procrustes analysis based on bacterial OTUs and ARG abundancesshowed that ARGs significantly correlated with the bacterial community comp...

文章 【Linux】查看文件中的某几行（中间几行）

...令 # 从第300行开始，显示100行（即显示300~399行） cat filename | tail -n +300 | head -n 100# 显示100行到300行                                                         cat filename| head -n 300 | tail -n ...

文章 SCI期刊选择困难症有治了！推荐一款选刊神器！速领！

...后，点击下方Find journals开始筛选期刊，结果如下图，Edit your search下还可以继续修改筛选参数；再下方是筛选出的期刊列表，信息也很直观。 点击具体期刊可以进一步查看该期刊信息，如下图，展示信息很是丰富，像引用指数...

问题 Mac中RStudio安装XLConnectJars包出错

...ace()里算'rJava'时.onLoad失败了，详细内容：  调用: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)  错误: 无法载入共享目标对象‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so’：:  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resource...

文章 linux查看文件夹大小

...看当前目录和子目录文件夹/文件大小情况 du [OPTION]… [FILE]…-c, --total 累计大小 -d, --max-depth=N 决定统计每个目录的深度 -B, --block-size=SIZE 决定显示文件大小的单位;比如 ‘-BM’，就是MB，'-BK’就是KB -h, --human-readable 以高可读方...

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

...Float;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(        -file   => "$ARGV[1]",        -format => 'Fasta');my %gene;while ( my $seq = $in->next_seq() ) {        my ( $id, $sequence, $desc ) = ( $seq->id, $seq->seq, $seq->desc );        $gene{...

问题 当保留蛋白编码序列时，为什么会提示有这个报错？检查发现'!'应该是没有输入错误的

原命令：agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_coding.gff3 报错：The test to apply is Wrong: !. We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.

问题 关于图形泛基因组中的Minigraph-Cactus的问题。

...is the default graph. Stretches of sequence >10kb that were not aligned to the underlying SV/minigraph are removed. "Dangling" nodes (ie that don't have an edge on each side) that aren't on the reference path are also removed, so that each chromosome only has two tips in the graph.  请问为什...

文章 Linux的shuf命令对文件的行进行随机排序

...。-n, --head-count=COUNT        只输出前COUNT行。-o, --output=FILE                     将随机排序后的输出写到一个文件中 示例： 生成3个范围为1-100的随机数到文件rand.txt中 shuf -i 1-100 -n 3 -o rand.txt

文章 批量邮件推送python代码模板，可支持html邮件格式

...art('related')msgRoot['From'] = Header("组学大讲堂", 'utf-8')msgRoot['To'] =  Header("组学大讲堂学员", 'utf-8')subject = 'Python SMTP 邮件测试'msgRoot['Subject'] = Header(subject, 'utf-8') msgAlternative = MIMEMultipart('alternative')msgRoot.attach(msgAlternative)  # mail_msg = "...

文章 植物单细胞转录组文章

...迫 Zhu, M., Hsu, CW., Peralta Ogorek, L.L. et al. Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress. Nature (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-08941-z 研究发现，植物根部通过单细胞层面的基因调控适应不同土壤环境。利用单细胞 RNA...

文章 ggplot2点图geom_point中点的shape有多少？

...single character-- which uses that character as the plotting symbol, # a . to draw the smallest rectangle that is visible (i.e., about one pixel) # an NA to draw nothing p + geom_point() p + geom_point(shape = 5) p + geom_point(shape = "k", size = 3) p + geom_point(shape = ".") p + geom_point(shape ...

文章 两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图！

...用前记得要安装JAVA。  第一步：选择合适的树形 使用File – open 打开树文件（一般为.nwk文件），在左上方绿色框内有三种不同形式的系统进化树 树形可供选择。大家可以根据自己的分析目的来选择合适的树形。矩形进化树...