找到约 15 条结果

问题 FileZilla Client出错

...态:读取目录列表... 命令:PWD 响应:257 "/" is the current directory 命令:TYPE I 响应:200 Type set to I 命令:PASV 响应:227 Entering Passive Mode (130,14,29,30,195,87). 命令:MLSD 响应:550 /: Permission denied 错误:读取目录列表失败

问题 LDdecay

... Number of subPop samples[found in VCF] is 0 sub Group Population szie is too small, SubGroup sample size: 0 ##begin pair-wise R^2 cal. after filter Remain SNP Number :     0 #% number bin is        1 1%......-->100%.......          ALL done Used [perl  ../bin/Plot_XX.pl ] to Pl...

问题 bio-linux中用hmmsearch遇到问题

用NB-ARC.hmm搜索拟南芥的蛋白质保守结构域时，运行显示fatal exception(source file fwdback.c, line 459)；foeward score is NaN。再次运行显示segmentation fault。麻烦老师看看是什么问题，非常感谢！！

问题 VCF文件按照指定的染色体排序

...vcf \    SD=sequence_dictitionary.dict）。运行后，出现了Unable to access jarfile picard.jar。麻烦看看怎样解决。

问题 TCGA数据库下载数量不对

问题一：按课上老师教的筛选方法，网页上cases和file数量为何不一致（456和521），老师课上是一致的。 问题二：按老师的代码，样本总量不等于肿瘤+正常总和，为什么呢？ query <- GDCquery(project = "TCGA-COAD",data.category = "Tran...

文章 环境因子分析

...;- as.dist(read.delim('data/bray_distance.txt', row.names = 1, sep = '\t', check.names = FALSE)) #db-rda分析可以capscale 完成 db_rda <- capscale(dis_bray~Scr + BUN + ALB + P + Hb + eGFR, env, add = TRUE) db_rda ``` ### 7.2 一步到位直接出结果 capscale()是vegan中打...

问题 GFF文件不能获取基因与mRNA的对应关系文件

老师，我是gff文件，不是gff3文件， 运行命令"perl ../script-1/mRNAid_to_geneid.pl Paab.1_0b.gff1 mRNA2geneID.txt"得到的文件夹是空的，只有列名，按照https://www.omicsclass.com/article/816方法处理还是不行，请问上面原因啊？

问题 重测序var_density.R脚本报错

...Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) :   invalid '(to - from)/by' Calls: CMplot -> DensityPlot -> seq -> seq.default Execution halted

问题 重测序var_density.R脚本报错

...Error in seq.default(0, chorm.maxlen/bp, round(xticks[2])) :   invalid '(to - from)/by' Calls: CMplot -> DensityPlot -> seq -> seq.default Execution halted

问题 请问一下prefetch下载的问题

...bin/ascp|/home/user/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file srr.txt -O /opt/user/ncbi 提示unrecognized option: '-a' 请问怎么才能用到aspera呢

问题 GATK 建立压缩的VCF文件索引报错 IndexFeatureFile

/share/work/biosoft/GATK/gatk-4.1.4.1/gatk IndexFeatureFile -I raw.vcf.gz  Error was: htsjdk.tribble.TribbleException.MalformedFeatureFile: Input file is not in valid block compressed format.,

文章 NCBI 下载病毒基因组的gff3

...有gff3和gtf文件，此时如果我们想获得病毒的gff可以在send to中选择保存文件的格式： 通过这个方式保存的gff格式如下： 其中第三列feature并不符合许多软件识别的格式，可以自行进行修改。

文章 提取合并基因家族的domain序列

...过滤的e-value值。 脚本代码如下： die "perl $0 <hmmoutfile> <fa> <OUT> <E-value>" unless ( @ARGV == 4 );use Math::BigFloat;use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(-file   => "$ARGV[1]",-format => 'Fasta');$out = Bio::SeqIO->new(-file  ...

文章 ggalluvial 展示ceRNA调控关系

...考文献 Construction and comprehensive analysis of a ceRNA network to reveal potential prognostic biomarkers for hepatocellular carcinoma.

问题 dadi 分析中根据基因组创建annovar库出现报错

[root@30b37d57431e  00:02:31 /work/3.map/dadi]# gtfToGenePred -genePredExt /work/ref/Bamboo.Hic.gtf  unknown_refGene.txt conflicting frame for PH02Gene38416.t1 exon index 0, was 0, trying to assign 2