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问题 SNP过滤de问题

... After filtering, kept 320 out of 320 Individuals       Outputting VCF file...       After filtering, kept 0 out of a possible 40089272 Sites       No data left for analysis!       Run Time = 2539.00 seconds 求助一下

文章 Evolview：进化树设置标签的背景颜色

...第三列：控制命令 控制命令说明 选项功能adapply color to all descendantsprefix将颜色应用到以第一列的字符起始的所有叶节点上suffix将颜色应用到以第一列的字符结尾的所有叶节点上anywhere将颜色应用到包含第一列的字符的所有叶...

文章 linux用户管理命令介绍

...录下；/etc/skel 目录下的文件都是隐藏文件，也就是类似.file格式的；我们可通过修改、添加、删除/etc/skel目录下的文件，来为用户提供一个统一、标准的、默认的用户环境； [root@localhost beinan]# ls -la /etc/skel/总用量 92drwxr-xr-x   ...

文章 WGCNA 中Relationship between module eigengenes图片绘制--plotMEpairs函数

...tps://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/Simulated-06-RelatingToExt.pdf ######################################### The plots is shown in Fig. 2. The module eigengenes (rst PC) of different modules may be highly correlated.WGCNA can be interpreted as a b...

问题 运行eggnog_stat.r报错

...oups` argument. Error in (function (classes, fdef, mtable)  :   unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"tbl_df"’ Calls: %>% -> select -> <Anonymous> 停止执行 向老师们求助

问题 利用samtools将sam文件转化为bam文件时，sam文件报错

运行命令： $samtools sort -@ 4 -O bam -o RNA.bam RNA.sam 报错： [E::sam_hdr_create] Invalid header line: must start with @HD/@SQ/@RG/@PG/@COsamtools sort: failed to read header from "RNA.sam"RNA.sam文件行首：

问题 affy包的函数处理dataframe时，要求dataframe是什么样的呢？

...t;- rma(data) Error in (function (classes, fdef, mtable)  :    unable to find an inherited method for function ‘probeNames’ for signature ‘"data.frame"’ data是一个生成的数据框，有行号和列号，数据都是numeric格式的。

问题 蛋白序列ID和cds序列ID不一致

... 下面是gff文件 获取基因与mRNA的对应关系perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt，提取到的ID=Zm00001d027240_T001，而在hmm搜索的结果ID=Zm00001d027240_P001，在去除重复的hmmer搜索的转录本ID时，ID不一致，同时hmm...

问题 请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

 /data/soft/gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -p /wtmp2/user049/yushiyan/phenotype/pheno.txt -c /wtmp2/user049/yushiyan/pca/cpca_no1.txt -lm 1 -n 1 GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012...

文章 鲈鱼MAPK基因家族分析文献下载及解读

... family in Lateolabrax maculatus and their expression profiles in response to hypoxia and salinity challenges.pdf（点此题目下载原文） 基因家族分析发文章溜不溜？口说无凭，以文章为据！基因家族分析学习链接：基因家族分析视频课程 一起看一篇10...

问题 vegan包问题请教

...w.names=1) > all <- specaccum(otu, method = "random")   > png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300) > plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, +      ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples", +      ylab = "...

问题 vegan包问题请教

...",row.names=1)> all <- specaccum(otu, method = "random")  > png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300)> plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0,+      ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",+      ylab = "Number...

文章 endnote 如何插入书籍引用

...分的SCI杂志都提供针对不同软件的文献引用文件（citation file）下载，下载到了这个文件直接导入文献管理软件（如 endnote等），就可以方便的把文献插入到自己论文当中，那些作者信息，文章题目，杂志名称等信息都可以自动帮...

问题 老师您好，我在进行GEO数据差异分析时，出现如下报错，请问我该如何解决？谢谢老师。

group_file.tsv

文章 获取virtualbox COM对象失败的处理办法

Failed to instantiate CLSID_VirtualBox w/ IVirtualBox, but CLSID_VirtualBox w/ IUnknown works. 我是 win7 64位 解决办法： 1， win+r 快捷键打开 “运行”，输入regedit 打开注册表 2，找到 HKEY_CLASSES_ROOT\CLSID\{00020420-0000-0000-C000-000000000046} Inproc...