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文章 如何预测蛋白质保守结构域?-InterPro在线工具使用详解

...的个性化分析,求人不如求己,一切痛点都能解决:1. 单细胞/空间转录组正在大火,高分文章必备,0基础学单细胞/空间转录组分析,做更牛的个性化分析,绘更漂亮的图,点这个链接:单细胞/空间转录组分析实操 2. 2区文章...

问题 老师您好,我们在水稻泛基因组数据库https://ricerc.sicau.edu.cn/中下载的基因组序列文件,格式不是.fa后缀的,可以用来分析吗,是不是需要转换一下格式

下载的文件格式是.genome的格式

文章 svg2xxx运行报错

...apps.rasterizer.Main.main(Unknown Source) 这个异常和 Java 的安全管理器(Security Manager)有关。从 Java 17 开始,安全管理器已经被标记为过时(deprecated),并且在未来的版本中将被移除。这个异常提示是因为你的代码或者依赖的库试图...

文章 胃癌免疫侵润预后Signature数据挖掘-4.8分SCI思路解析

...侵润概念,就是肿瘤的内部和周围往往聚集着大量的免疫细胞。主要由肿瘤细胞、成纤维细胞、免疫细胞、各种信号分子和细胞外基质及特殊的理化特征等共同组成,这些免疫细胞之间,以及肿瘤细胞和免疫细胞之间存在着千丝...

文章 怎样才能选到靠谱的抗体?挑选抗体的4大秘诀分享

...免疫沉淀、免疫组化、免疫荧光、染色质免疫沉淀、流式细胞实验等等,都需要用到抗体,所以才说:抗体选得好,实验没烦恼。 然而,很多科研小伙伴都不知道如何挑选抗体,认为只要选择国际知名抗体公司就万事大吉了,...

问题 泛基因组

泛基因组分析中的可视化软件sequenceTubeMap 在自己的服务器上怎么安装?有没有提供docker 镜像? 官网上说有docker, 但是网站打不开,能不能提供一下docker?

问题 执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时,打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

文章 exFAT格式的硬盘挂载问题

我们在挂载ntfs格式的硬盘的时候,一般可以正常使用linux命令,不会有啥问题,但是如果硬盘格式是exFAT,会发现有很多问题,比如权限不能改 如何判断自己的硬盘的格式?比如位置在/dev/sdb2,用以下代码(用自己的位置) sudo blkid /dev/sdb...

问题 hisat进行转录组索引比对,程序运行结束,没有报错,只生成summary和sam格式文件,bam和bam.bai格式文件未生成,请问是什么原因?

问题 老师换了新的config3.txt,但是只出来了svg格式的图,没有png格式的图,而且出来的图不对,没有连线,空空如也。

问题 kaks使用phy还是出现not equal如何解决

对找到的基因进行多序列比对 输出两种格式文件aln和phy aln格式文件如下: phy格式文件如下(缺少了一部分基因id): 6.两种格式的文件aln和phy都将格式转换axt 后进行kaks计算都遇到报错not equal, aln格式转化后计算kaks时候如...

问题 转录组mfuzz分析问题

在mfuzz分析完后,通过ClusterGVis可视化,但是出现了图片中的报错,开始以为是自己数据格式有问题,我替换了课程资料提供的示例文件,也出现同样的报错内容,请问怎么解决?

文章 claude code 配置 deepseek: 让Linux秒变“最强大脑” ,在组学大讲堂云服务器上,一键部署你的专属科研大模型助手

...分析,不用上传,安全放心;还能直接读取服务器里各种格式的数据,批量处理几十上百个文件也就是一行命令的事,省时省力。所以,要使大模型真真成为你分析数据的智能助手,命令行工具是更稳妥高效的选择。接下来介绍...

问题 细胞ROGUE 判断分群纯度

运行这个脚本时Rscript $scripts/cell_purity_ROGUE.r --rds benihoppe_flower_sct.qs  \  --samples Sample --groupby seurat_clusters  \  -p ROGUE_sct 出现以下报错,我标准化的方法是--sctransform,视频里是后续分析,这里我们选择 harmony整合方法 非sctransform...

文章 PICRUSt2扩增子功能预测与差异比较分析

...行功能信息的输出。由于不再依赖于Greengene的OTU信息输入格式,使得PICRUSt2不但可以用于16s细菌、古菌的功能预测,也可以用于18S、ITS真菌、藻类的功能预测。当前用于真菌、藻类的数据库正在不断升级更新,预计在不久的将来...