TCGA数据下载时，像HNSC这种癌症，我只需要口腔鳞状细胞癌这个部分，数据下载的时候，不能够增加一个“primary site”这个参数进行筛选吗？不行的话要怎么改写R代码才能够完成这个目的，如果可以的话，为什么会报错呢？
之前给大家分享过：下载TCGA数据库内转录组/LncRNA等数据，通过筛选差异基因进行生存分析，构建预后模型的文章思路，感兴趣的可以点下以下三个链接查看详细内容。 1. 1分钟给你5分的SCI论文思路！要不要？ 2. TCGA-人类癌症...
如果还是继续用GDCdownload下载数据的话，之前筛选出来的primary site就没有被用到，下载之后还是所有HNSC的表达数据，看了一下GenomicDataCommons这个包里有有一个gdcdata函数，应该是用来下数据的，但是不太会写代码。
输入数据： 代码部分，筛选基因也可以参照另一篇文章，而不一定是选取200个变化最大的基因，R筛选基因： myfpkm<-read.table("All_gene_fpkm.xls",header=TRUE,comment.char="",sep = "\t",check.names=FALSE,row.names=1)probesetvar = apply(myfpkm, 1, var) #...
Oncomine数据库介绍 Oncomine是大型肿瘤基因芯片数据库，涵盖65个基因芯片数据集、4700个芯片及4亿8千万个基因表达数据，可用于分析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等，并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信...
...往下看。小编为您讲解如何使用Excel画GO富集分析图。 数据文件准备 转录组测序分析的结果文件中一般都会有GO_enrich.xls的文件，该文件一般在每个差异组合的差异分析结果文件夹下。打开后格式大致如下图所示，各个公司稍...
今天再一次给大家介绍一篇不用做实验，只需要进行TCGA数据库挖掘，就能发的SCI的金思路。接下来以一篇2018年7月30日发表在Cellular Physiology and Biochemistry（IF=5.5）上题为Genome-Wide Analysis of Prognostic lncRNAs, miRNAs, and mRNAs Forming a Competi...
长链非编码RNA转录组分析数据时，一般都是每个样本独立进行转录本的组装，之后采用cuffmerge将转录本进行合并，生成一个统一的基因注释GTF文件。 那我们需要筛选出新的转录本，那该如何筛呢？这个可以从GTF文件的class codes...
...和技术服务团队; ●实验结果真实可靠， 留存原始数据，提供详尽的结果统计分析和解读; ●客户遍布全国20余省， 涉及各大高校，医院和科研机构; ●一对一的技术支持和项目负责人，沟通直接快速; ●售...
...掘文章如何发更高档次的杂志。这篇文章是利用GEO和TCGA数据挖掘宫颈癌预后相关的关键基因，2019年发表在Journal of Cellular Physiology 影响因子：4.52左右。 1.芯片数据差异基因及注释分析结果 作者在GEO数据库中找到宫颈癌相关的...
...-8 搜索方法演示： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 选择protein数据，输入14-3-3关键字，然后搜索： 搜索之后，得到下面的页面，我们可以再进一步筛选： 点选，左边的植物，还有右边的拟南芥或者水稻得到下面结果： 增加搜...
...3.026，文章虽然比较早，但是对我们依然有参考价值。 数据来源 作者从TCGA下载所有肺癌的RNA-Seq数据（截至2017.4.5），共502个肺鳞癌样本数据，其中原发性肺鳞癌样本数据450个。提取这450个样本的lncRNAs数据进行后续分析。 筛...
在我们的《TCGA-生存分析》课程中，我们提供了临床数据的下载方法。有学员反馈，有些癌症有多次临床数据，随访时间还不一样。我细致的看了一下出现这种情况的原因： 1. 随访曾中断过: 存在多次随访 2. 出现了新的癌症：...
...步可以过滤吧？然后我另外筛选出别的组再根据那个组的数据过滤，这一步 过滤 掉该组所有样本都为0的otu是不会影响结果的吧？